Алгоритм Смита — Ватермана

Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей, то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей. В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.

Алгоритм был предложен Т. Ф. Смитом (англ.) и М. Ватерманом (англ.) в 1981[1]. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование матрицы замен (англ.) и штрафов за «гэпы» (англ.) (то есть вставки и делеции).

ПримечанияПравить

  1. Smith, Temple F.; and Waterman, Michael S. Identification of Common Molecular Subsequences (англ.) // Journal of Molecular Biology (англ.) : journal. — 1981. — Vol. 147. — P. 195—197. — doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5. — PMID 7265238. Архивировано 26 мая 2011 года.