Гено́мика — раздел молекулярной генетики, посвящённый изучению генома и генов живых организмов, всей совокупности генов организма или значительной их части. «Для геномики характерно использование очень больших объёмов данных».[1]
История
правитьГеномика сформировалась как особое направление в 1980—1990-х годах вместе с возникновением первых проектов по секвенированию геномов некоторых видов живых организмов. Первым был полностью секвенирован геном бактериофага Φ-X179; (5368 нуклеотидов) в 1977 году. Следующим этапным событием было секвенирование генома бактерии Haemophilus influenzae (1,8 Mб; 1995 год). После этого были полностью секвенированы геномы ещё нескольких видов, включая геном человека (2001 год — первый черновой вариант, 2003 год — завершение проекта). Её развитие стало возможно не только благодаря совершенствованию биохимических методик, но и благодаря появлению более мощной вычислительной техники, которая позволила работать с огромными массивами данных. Протяженность геномов у живых организмов подчас измеряется миллиардами пар оснований. Например, объём генома человека составляет порядка 3 млрд пар оснований. Самый крупный из известных (на начало 2010 года) геномов принадлежит одному из видов двоякодышащих рыб (примерно 110 млрд пар).
Разделы геномики
правитьСтруктурная геномика
правитьСтруктурная геномика — содержание и организация геномной информации. Имеет целью изучение генов с известной структурой для понимания их функции, а также определение пространственного строения максимального числа «ключевых» белковых молекул и его влияния на взаимодействия[2][3].
Функциональная геномика
правитьФункциональная геномика — реализация генетической информации, записанной в геноме, то есть от гена — к признаку.
Сравнительная геномика
правитьСравнительная геномика (эволюционная) — сравнительные исследования содержания и организации геномов разных организмов.
Получение полных последовательностей геномов позволило пролить свет на степень родства и различий между геномами разных живых организмов. Ниже в таблице представлены предварительные данные о сходстве геномов разных организмов с геномом человека. Сходство дано в процентах (отражает долю пар оснований, идентичных у двух сравниваемых видов).
| Вид | Сходство | Примечания и источники[4] |
|---|---|---|
| Человек | 99,9 % | Human Genome Project |
| 100 % | Однояйцевые близнецы | |
| Шимпанзе | 98,4 % | Americans for Medical Progress; Jon Entine в San Francisco Examiner |
| 98,7 % | Richard Mural из Celera Genomics, цитируется в MSNBC | |
| Бонобо, или карликовый шимпанзе | То же, что и для шимпанзе | |
| Горилла | 98,38 % | Основано на изучении интергенной неповторяющейся ДНК (American Journal of Human Genetics, февраль 2001, 682, с. 444—456) |
| Мышь | 98 % | Americans for Medical Progress |
| 85 % | при сравнении всех последовательностей, кодирующих белки, NHGRI | |
| Собака | 95 % | Jon Entine в San Francisco Examiner |
| C. elegans | 74 % | Jon Entine в San Francisco Examiner |
| Банан | 50 % | Americans for Medical Progress |
| Нарцисс | 35 % | Steven Rose в The Guardian от 22 января 2004 |
Музеогеномика
правитьМузеогеномика — отрасль науки, занимающаяся расшифровкой генетической информации останков биологических объектов, хранящихся в зоологических, биологических, палеонтологических музеях[5]. Является важным направлением исследований в палеонтологии, палеоботанике, палеоантропологии, археологии. Музеогеномика позволяет выяснить, от каких животных и когда вирусы перешли к человеку, проанализировать степень родства различных видов беспозвоночных, как менялся геном живых организмов со временем, проследить влияние загрязнения окружающей среды.
См. также
правитьПримечания
править- ↑ Геномика Архивная копия от 24 декабря 2021 на Wayback Machine. Г. В. Васильев. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2014
- ↑ Чугунов Антон. Ловля бабочек, или чем структурная геномика поможет биологии. Биомолекула.ру (14 марта 2009). Дата обращения: 22 января 2010. Архивировано из оригинала 17 апреля 2013 года.
- ↑ Ясный И.Е., Цыбина Т.А., Шамшурин Д.В., Колосов П.М. Структурная геномика и медицина // Молекулярная медицина. — 2009. — № 6. — С. 15—20. Архивировано 21 марта 2012 года.
- ↑ Эти данные были найдены в различных вторичных источниках, и, скорее всего, они были получены разными методами (такими, как гибридизация ДНК или выравнивание последовательностей). Следует отметить, что разные методы могут давать различные результаты, даже будучи примененными к одной и той же паре сравниваемых видов, поэтому все цифры, приведённые в данной таблице, следует рассматривать как весьма приблизительные.
- ↑ Александр Волков Музеогеномика — новая научная ниша // Знание-сила. — 2015. — № 11. — С. 5—14
Литература
править- Alistair R. R. Forrest et al. (2014). A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 507 (7493): 462 doi:10.1038/nature13182
- Andersson, R. et al.(2014) An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455—461 doi:10.1038/nature12787
Ссылки
править
- Тищенко П. Д. Геномика: новый тип науки в новой культурной ситуации.
- Complete Microbial Genomes (полностью расшифрованные геномы бактерий и архей).
- Лекция № 19. Геномика Архивная копия от 21 января 2015 на Wayback Machine.