Обсуждение:Рибосомные рибонуклеиновые кислоты

Вроде бы, подходящее изображение?

Транскрипция (фотография под трансмиссионным электронным микроскопом). Beginn — начало транскрипции, Ende — конец транскрипции, DNA — ДНК.

Говорят (в названии картинки), это транскрипция рРНК. Готов поверить, потому что это похоже на мои представления о синтезе рРНК, но пусть лучше посмотрят молекулярщики. В транскрипцию пока поставил... Alexei Kouprianov 12:54, 6 мая 2007 (UTC)

Не совсем - это транскрипция абстрактной незрелой РНК, такой транскрипт, чтобы стать набором рРНК пары рибосомных субчастиц, должен созреть - быть порезанным рестриктазами на большие фрагменты pre-rRNA, пройти удаление интронов/сплайсинг и т.д.

P.S. На commons есть английский вариант фотографии:

. --Vladimir Kurg 18:16, 6 мая 2007 (UTC)

Спасибо. Как-то я его не нашел. Почему-то только итальянский и немецкий... Пойду поставлю в транскрипцию. Alexei Kouprianov 18:22, 6 мая 2007 (UTC)

Елочко-подобные структуры характерны именно для транскрипции пре-рРНК, поэтому можно смело вставлять и сюда тоже. Ashkarik 11:10, 15 мая 2007 (UTC)

Определение

По поводу определения. Сейчас оно представлено в виде:

Рибосомальные рибонуклеиновые кислоты (рРНК) — несколько молекул РНК составляющих основу рибосомы — нуклеопротеидного комплекса, который осуществляет на основе матричной РНК сборку белковых молекул из аминокислот. рРНК является адаптором между соединенными с аминокислотами тРНК и мРНК - (предложение имхо непонятно рядовому читателю, частично повторяется в других предложениях, наконец коряво, поскольку адаптор - это пассивный элемент механизма. тРНК - это адаптор, а рибосома - это молекулярная машина, играющая активную роль в трансляции). Основной функцией рРНК является осуществление процесса трансляции - считывания информации с мРНК через контакт с тРНК и катализ образования пептидной связи.

мой вариант:

Рибосомальные рибонуклеиновые кислоты (рРНК) — несколько молекул РНК составляющих основу рибосомы — нуклеопротеидного комплекса, который осуществляет на основе матричной РНК сборку белковых молекул из аминокислот. Основной функцией рРНК в составе рибосомы является осуществление процесса трансляции - считывания информации с мРНК при помощи адапторных молекул тРНК, служащих для сопоставления аминокислот соответствующим им кодонам, и катализ образования пептидных связей. Ashkarik 15:32, 15 мая 2007 (UTC)

• давайтe будем проще и ближе к народу :)

Рибосомальные рибонуклеиновые кислоты (рРНК) — несколько молекул РНК составляющих основу рибосомы. Основной функцией рРНК является осуществление процесса трансляции - считывания информации с мРНК через контакт с тРНК и катализ образования пептидной связи.

(я слежу за этой страницей, можно не дублировать на моей странице обсуждения) mstislavl 19:15, 15 мая 2007 (UTC)

Будем ближе к народу - это не вопрос:). В общем нормально, только мне не очень нравится стилистичесики "через контакт" и то, что у вас тРНК в единственном числе- может возникнуть неверное впечатление. "при участии молекул тРНК" было бы имхо лучше.

Ashkarik 19:39, 15 мая 2007 (UTC)

• Рибосомальные рибонуклеиновые кислоты (рРНК) — несколько молекул РНК составляющих основу рибосомы. Основной функцией рРНК является осуществление процесса трансляции - считывания информации с мРНК при помощи адапторных молекул тРНК и катализ образования пептидных связей между присоединёнными к тРНК аминокислотами.

- а так? mstislavl 20:20, 15 мая 2007 (UTC)

А мне кажется, "считывания информации с мРНК при помощи адапторных молекул тРНК и катализ образования пептидных связей" - это функции рибосомы в целом, а не составляющих её рРНК. Мне не нравится определение. Я не прав? --Nashev 19:40, 6 ноября 2010 (UTC)

Не правы, белки к этим функциям не имеют отношения, in vitro rRNA без белков способна к катализу.--Victoria 20:23, 6 ноября 2010 (UTC)

как вы относитесь к метафорам? может, еще добавить

+ Рибосому иногда называют молекулярной машиной по производству белков. В этом случае рибосомальнаые рибонуклеиновыe кислоты играют в этой машине роль металлических частей - опорной конструкции и мотора. mstislavl 07:53, 16 мая 2007 (UTC)

Метафора хороша, но не для определения. ИМХО определение должно быть максимально кратким. Мне еще не очень нравится "...между присоединёнными к тРНК аминокислотами". Может показаться, что они так и остаются присоединенными :)). Но как это лучше сказать я не придумал. Но Имхо можно вставлять. Лучше того, что есть однозначно. Ashkarik 12:28, 16 мая 2007 (UTC)

мне тоже не нравится, но как красивей перевести charged tRNA, пока непонятно mstislavl 12:36, 16 мая 2007 (UTC)

Метаф. всe же добавлю в манере User:Alexei Kouprianov, sorry. если кто-то второй будет против, удаляйте mstislavl 12:48, 16 мая 2007 (UTC)

А может так:

Рибосомальные рибонуклеиновые кислоты (рРНК) - тип клеточных РНК, являющихся структурными и функциональными компонентами рибосом. В составе нуклеопротеидного комплекса рибосом связываются с мРНК и тРНК, участвуя в процессе трансляции (синтеза белка).

И не более, поскольку IMHO:

1. определение должно быть кратким и строгим
2. Для детализации функций и структуру будет отдельный раздел - собственно, рис. 1 подбирался с учётом этого: связывающий адениновый остаток там помечен красным

A2486

P.S. Метафору бы убрал - во-первых, из нелюбви к публицистическому стилю и, во-вторых, химической/конформационной некорректности :-) --Vladimir Kurg 16:22, 16 мая 2007 (UTC)

"бантик" убран, но ваше определение всё же кажется мне слишком кратким. в других статьях лид - длинный рассказ, самостоятельно тянущий на стаб. помните, пишем для не-специалистов. адениновый остаток, связывающий что именно? mstislavl 16:37, 16 мая 2007 (UTC)

Каталитический аденил A2486 рибозимного пептидилтрансферазного центра 23S. Связывается (водородная связь) с α-аминогруппой аминокислотного остатка тРНК^{аминокислота}, сидящей на А-участке (Peter B. Moore and Thomas A. Steitz. After the ribosome structures: How does peptidyl transferase work? RNA. 2003 February; 9(2): 155–159.). С точки зрения химии пептидилтрансферазное действо с образованием ковалентной пептидной связи и есть ключевое звено трансляции. --Vladimir Kurg 16:45, 17 мая 2007 (UTC)

пока вы не сказали, что там есть красное, заметить было трудно. если вы об механизме писать будете со ссылкой на картинку, может, стоит туда стрелку пририсовать? это основаниe находится в сарцин-рициновой петле? это оно инактивируется рицином? mstislavl 16:59, 17 мая 2007 (UTC)

Мне кажется, сначала надо дать самое краткое и четкое пределение, а затем во втором абзаце развернуто разъяснить что к чему с использованием метафор. Иногда человеку нужно быстро:)). Длиные определения плохо, даже если они на английском. Ashkarik 21:19, 18 мая 2007 (UTC)

По порядку вопросов и пожеланий:

1. Сарцин-рициновый домен у прокариот рРНК 23S - 2653-2667 [1] (на рисунке - именно 50S прокариот), однако рицин неактивен по отношению 23S в составе бактериальных рибосом ([2]) . У млекопитающих же, насколько я помню (а помню смутно), расположение сарцин-рицинового домена в рРНК 28S, связывающего А-цепь рицина, и выщепляемого аденина достаточно разнесены (в [3] утверждается, что А4324). Так что на иллюстрации в любом случае не «рициновый» аденин. Пептидилтрансферазный центр (опять таки по воспоминаниям) расположен раньше сарцин-рицинового домена связывания.
2. По второму абзацу, дополняющему определение, согласен - нужно продумывать и добавлять.
3. О механизмах трансляции, в которых непоследственно задействованы рРНК писать буду :-) - как и о блокаторах механизмов. В будущем разделе статьи.
4. Очень хотелось бы, чтобы кто-то написал раздел или фрагмент о консервативности функциональных участков рРНК и использовании данных о их последовательностях в филогенетическом анализе - с рисованием или нахождением приличных филогенетических деревьев (кстати, статья Филогенез у нас не дотягивает дажедо stub'а). На commons есть пара иллюстраций (см. ниже), однако они требуют замены англ. названий на латинские (или русские). Я же обязуюсь дорисовать красивую иллюстрацию с первичными транскриптами рРНК бактерий, дрожжей и млекопитающих :-)

--Vladimir Kurg 14:29, 21 мая 2007 (UTC)

Прошу прощения, картинки оживил. Alexei Kouprianov 14:45, 21 мая 2007 (UTC)

• 1) вот здесь [4]говорится, что вроде как катализа основаниями РНК нет, eсть просто позиционированиe тРНК. это очень авторитетная группа, одни из мировых лидеров.

2) писать раздел "о консервативности функциональных участков рРНК" не вoзьмусь, ибо знания по этому поводу поверхносные. разве что после перевода "Филогенетики", но это может случится нескоро.

3) заменить названия на уже имеющихся картинках, пожалуй, смогу. заменять нужно на русские, кто прочитаeт латинские, прочитаeт и английский. проблема в том, где взять правильные варианты экзотический названий, например, Aquifex mstislavl 14:43, 23 мая 2007 (UTC)

К первому пункту: я не спец, но по моему катализ есть по определению стабилизация промежуточного состояния, поэтому не вижу противоречия. Напрямую или через позиционирование тРНК - эта разница имеет значение только для биологов. Ashkarik 16:33, 24 мая 2007 (UTC)

Виды

Вероятно, нужен список всех известных типов рибосомальных РНК с их описанием, так как информацию о конкретном типе в данный момент в статье найти сложно. В существовавшем виде раздел только путал (можно было подумать, что есть только один вид рРНК), поэтому информацию спрятал в комментарий, добавил шаблон "в планах". isrusin (обс.) 16:09, 28 мая 2017 (UTC)