Обсуждение:Цикл трикарбоновых кислот

Последнее сообщение: 7 лет назад от Ilya.gmail в теме «Ужасно сложный цикл Кребса»

Ферменты править

Неужели в русской вики нет статей по ферментам цикла Кребса? Или ссылки расставлены неправильно... Mhc2 16:15, 4 января 2010 (UTC)mhc2Ответить

2.5 АТФ править

Откуда берется информация, что NADH эквивалентен 2.5 АТФ, а не 3? В англоязычной википедии это тоже толком не объясняется. XaeroX 13:22, 21 июня 2010 (UTC)Ответить

Вторая и третья стадия цикла править

На второй стадии образуется не только цис-аконитат и вода, но ещё и цис-акониат (меньше 4 %).Иначе на следующей стадии получается путаница- получили цис-аконитат, а в реакцию идёт цис-акониат

83.149.45.132 09:51, 1 октября 2011 (UTC)Anonymous 83.149.45.132 10:05, 1 октября 2011 (UTC)AnonymousОтветить

Щуку ацетил лимонил править

Не нужно выделять слова заглавными буквами. Внимательный читатель поймет, кто такая "щук"а из контекста статьи --Sirozha.ru 10:29, 2 ноября 2011 (UTC)Ответить

Вы меня конечно извините за правку, не несущую полезной информации, но по-моему, само стихотворение сложнее запомнить.213.87.137.163 18:37, 9 апреля 2013 (UTC)Ответить

Рецензирование статьи Цикл трикарбоновых кислот править

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.
Ещё одна статья о важнейшем биохимическом процессе. В дальнейшем планирую выставить статью КХС или КИС, в зависимости от того, что получится по итогам рецензирования. Как мне кажется, тема для КИС раскрыта достаточно полно, однако очень хотелось бы услышать мнения коллег о том, чего всё-таки не хватает и что ещё надо улучшить, какие проскакивают ляпы и неточности. Стиль, естественно, далеко не безупречен, поэтому замечания по стилю также очень приветствуются. Буду очень рада, если кто-нибудь поможет русифицировать картинки, потому что мои технические возможности в этом деле ограничены. С уважением, --Eruvanda 12:45, 26 июля 2014 (UTC)Ответить

Sirozha.ru править

  • Еще одна отличная статья. Такая продуктивность вызывает у меня искренний восторг, Eruvanda! --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Ответить
  • Если в гликолизе я полностью согласен с тем, чтобы разделы назывались Стадия 1, стадия 2... то в ЦИКЛЕ это, на мой взгляд, несколько некорректно. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Ответить
    • А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)Ответить
      • Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
        • Нет, никак не называть не получится, иначе на эти стадии никак не сошлёшься, если не пронумеровать их. А чем не подходит Стадия 1, стадия 2...? --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)Ответить
  • Учитывая то, что этот цикл играет КЛЮЧЕВУЮ роль в метаболизме, например, практически всех аминокислот. И информацию, изложенную в разделе "анаплеротические реакции", а также некоторые современные данные об особенностях цикла в разных клетках, не следует так вот объявлять его посредником между гликолизом и дыхательной цепью. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Ответить
    • И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)Ответить
      • Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)Ответить
  • Кстати, гликолиз заканчивается пируватом, ЦТК начинается ацетатом (Ас-S-СоА). Вы планируете написать статью про ПДК, или может быть, добавить информацию об этой важной стадии между гликолизом и ЦТК в одну из этих статей? --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Ответить

Virgilius править

  • Могу помочь с русификацией изображений, если подробно напишите на каких картинках, какие надписи, как переводятся Virgilius 10:20, 28 июля 2014 (UTC)Ответить
    • Спасибо за предложение, обязательно напишу перевод подписей, когда получу нормальный доступ к Интернету. С уважением, --Eruvanda 13:05, 29 июля 2014 (UTC)Ответить

Подписи к картинкам править

Вот перевод подписей к картинкам:

 
Исходное изображение

1. Oxidation and... = Окисление и декарбоксилирование изоцитрата до α-кетоглутарата

 
Исходное изображение

2. Succinyl CoA = Сукцинил-CoA, Succinate = Сукцинат

 
Исходное изображение

3. Inter-membrane space = Межмебранное пространство, inner mitochondrial membrane = Внутренняя митохондриальная мембрана, Matrix = Матрикс, Heme = Гем, Complex II = Комплекс II.

 
Исходное изображение

4. Proton transfer = Перенос протонов, Fumarate = Фумарат, (S)-Malate = (S)-Малат

С уважением, --Eruvanda 14:58, 10 августа 2014 (UTC)Ответить

Shell править

  • «Из α-кетоглутарата, образующегося в цикле трикарбоновых кислот, синтезируются аминокислоты глутамин, глутамат, пролин, аргинин, а также пурины.» --Shell 23:10, 17 августа 2014 (UTC)Ответить
  • «Цитрат участвует в синтезе жирных кислот и стеролов.» Каким образом? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Ответить
  • Оксалоацетат служит предшественником аргинина? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Ответить
    • Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
      • В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
        • Нет, у них нет пояснений на этот счёт. Удалила это, потому что иных подтверждений образованию аргинина из оксалоацетата мне найти не удалось. --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)Ответить
  • Очевидно, что глиоксилатный шунт способен выполнять анаплеротическую функцию. Почему же в подразделе «Анаплеротические пути» о нём не упоминается? ИМХО, нужно упомянуть. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Ответить
  • В разделе «Модификации и родственные пути» не увидел упоминания цикла Арнона — Бьюкенена?!. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Ответить
  • «цитратсинтазная реакция представляет собой конденсацию Клайзена» Цитратсинтазная реакция — не есть конденсация Кляйзена (!), более верно было бы написать так: «происходит по типу альдольной конденсации». --Shell 00:21, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
    • В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
      • Эфир (AcCoA) выступает метиленовой компонентой, в качестве карбонильной компоненты — кетон (оксалоацетат). Это есть альдольная конденсация. Ну ладно, если думаете, что разница между альдольной конденсацией и конденсацией Кляйзена (хорошо характеризует конденсацию Кляйзена синоним: ацилирование по Кляйзену) неочевидна, я попробую подыскать подходящие АИ. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC) P. S. 1, 2; «aldol-like condensation» на русском правильно будет «по типу альдольной конденсации». --Shell 15:43, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
      • Вот что пишет нам "Биохимия Ленинджера": по сути это конденсация Клайзена The reaction catalyzed by citrate synthase is essentially a Claisen condensation, involving a thioester (AcCoA) and ketone (Ox-Ac) Lehninger biochemistry, 4 Ed, 2005 p.608 --Sirozha.ru 02:30, 25 августа 2014 (UTC)Ответить
        • Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)Ответить
  • Почему все (за исключением одного) «CoA» набраны кириллицей? (см. также Окислительное декарбоксилирование пирувата, я там на СО уже задавал вопрос об этом) --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)Ответить
    • Чисто для быстроты набора. Это вообще довольно принятая в ру-ВП практика — записываемые латинскими буквами названия писать кириллическими буквами, которые совпадают в латинице и кириллице. Мне кажется, что в нашем случае это необязательно исправлять (не название же статьи, в конце концов), и можно не тратить на это время. --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)Ответить

Итог править

Так как новых замечаний больше не поступало, а выявленные недостатки устранены, выставляю статью КИС. --Eruvanda (обс) 15:22, 3 сентября 2014 (UTC)Ответить

… из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC) — Нетъ --Shell 15:21, 5 сентября 2014 (UTC)Ответить

  • Ленинджер: Through aspartate and glutamate, the carbons of oxaloacetate and α-ketoglutarate are then used to build other amino acids, as well as purine and pyrimidine nucleotides. --Eruvanda (обс) 17:22, 5 сентября 2014 (UTC)Ответить
    • Пуриновое ядро содержит 5 атомов углерода. Биогенетически: C4 и C5 — из глицина, C6 — из диоксида углерода, C2 и C8 — вводятся реакциями N-формилирования (одноуглеродная группа берётся из хорошо известных фолатных производных (N10-формил-THF, N5,N10-метенил-THF) или же её донором (у архей) может служить формиат, без участия фолатов). Утверждение о том, что из α-кетоглутарата синтезируются пурины остаётся странным, а для меня лично — крайне сомнительным. Проясните, пожалуйста, утверждение или же удалите его (как я предложил вначале). --Shell 16:56, 8 сентября 2014 (UTC)Ответить

Мнемонические правила править

Эх... А я изучал цикл Кребса в Израиле. Какой пласт поэзии прошёл мимо меня :). Хорошо, что хоть здесь можно восполнить дыры в образовании. Sir Shurf (обс) 16:04, 23 сентября 2014 (UTC)Ответить

Ужасно сложный цикл Кребса править

Неприлично поправлять нобелевского лауреата, но время идет и появляются мысли. Мне непонятны две вещи. Вот зачем надо простую молекулу пировироградной кислоты усложнять, чтобы ее окислить до углекислого газа и воды? Это также нелогично как делать фурнитуру из дров, чтобы потом бросить ее в топку. Навряд ли мир клеток настолько нелогичен. В митохондриальной днк нет ни одного фермента цикла Кребса, тогда откуда они берутся в митохондрии? Там другие ферменты. 93.181.255.20 13:58, 22 октября 2015 (UTC)Ответить

      • На мой не очень просвещенный взгляд, в митохондриальной ДНК осталось всего 13 белков по одной простой причине: защита от свободнорадикальных атак в процессе происходящих там реакций. Все коды успешно перебрались в ядро под более надежную защиту. Эти 13 не смогли просто потому, что (1) природе трудно перекодировать их из кольцевой логики в концевую и (2) все эти 13 белков - гидрофобны: если делать из ядра, то они не выдержат поход через цитоплазму в митохондрию.

А что касается сложности, то в статье вроде говорится о том, что это не просто ради окисления

Ilya.gmail (обс) 08:06, 6 июля 2016 (UTC)ilya.gmailОтветить