Обсуждение проекта:Биология/Архив/2018/3

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Викиданные

В продолжение темы, поднятой на ВП:Ф-ПРА#Продолжение обсуждения хочу предложить участникам проекта перейти на вывод таксонов в карточке через Викиданные. В качестве быстро сделанного примера можно посмотреть Википедия:Песочница Викиданных#Таксон — в левом столбце Викиданные (так как пока сделано «на коленке», то нужно кликнуть «скрыть», потом «показать»). Внешний вид можно сделать практически любым, ненужные таксоны могут быть пропущены или как-то иначе выделены. Как один из плюсов — отпадёт нужда во всех 18 тысячах шаблонов. Сразу отвечу на вопросы VladXe, которые были заданы на форуме: 1) если русская таксономия подтверждается источниками, то ничего не мешает указывать её в Викиданных с соответствующими квалификаторами, и при выводе делать выбор в пользу значений с этими квалификаторами; 2) в английской Википедии и в Викивидах используются шаблоны, так же, как и у нас сейчас. — putnik 21:53, 17 июля 2018 (UTC)

• Не буду писать про субъективные причины неприятия, к предложенной части карточки организма 4 претензии: 1) Викиданные не различают русских названий рангов: то, что в зоологии отряд и тип, в ботанике — порядок и отдел, а в бактериологии — порядок и тип (там вообще фила, но в русских АИ такой термин не прижился). Самые большие заморочки в протистологии: там у хромистов порядок может входить в тип, а отряд быть частью отдела, потому что разные таксоны, находящиеся в одной цепочки, регулируются разными кодексами. 2) Как новая карточка будет выполнять ВП:НАУЧТАКС в части курсива с учётом п. 1? 3) Есть возможность неотображения некоторых ступеней, потому что из жёсткого ограничения в 24 уровня можем получить список на 50 строк, часть из которых как минимум не бесспорна. 4) Есть решение, что русские метки подчиняются правилам и руководствам рувики? Если нет, то как новая карточка организма будет выполнять ВП:ИС/Таксоны для всех названий в цепочке таксонов, основанное на решение АК? К метке не пришьёшь Ш:АИ и не удалишь её на том основании, что источник не указан более 2 недель. Свойство, где записан русский эквивалент научного названия уже сейчас не выполняет нормы по уровню источника: для птиц ботами проставляется как источник IOC, который опирается на сайты, признанные ПРО:БИО неавторитетными. — VladXe (обс.) 08:08, 18 июля 2018 (UTC)
• Рано и НЕПОЛОМАНО. Наша версия Шаблон:Таксон это лучшее (спасибо коллегам его создавшим), что из подобного есть не только у нас, но и во всех интервиках. Конечно идеально было бы всё с Викиданных вставлять, но кто там будет это делать, обновлять и делает ли вообще? Даты и места рождения в карточки персон, это да, ВД очень удобно сразу подставляет. Удобно и когда цифровые шифры из биологических баз данных сами проставляются в карточку таксона (EOL, ITIS, NCBI, FW). Но это для безальтернативных и для неизменяемых данных. А как быть с систематикой и таксономией, которая может меняться ежегодно от новых исследований генетики, синонимий и т.д.? Посмотрел на некоторые таксоны в Викиданных, кто их там правит, очень много правок ботоводов, в Викиданных сейчас 50 млн страничек-элементов! Это круче всех ботопедий. Так много сделать можно только взяв какую-то имеющуюся базу данных по биологии и закачать с неё все данные. Что и сделали, например с допотопной базой ITIS, в которой многие классификации не правились лет 5-10. Нам скажут: а вы вносите свои новые источники в ВД и на этой основе всё меняйте. То есть работайте ещё в другом проекте, да ещё в англоязычном. Позволю себе такое сравнение: те кто много пишет здесь в Рувики при переходе в Викиданные испытывают шок, сходный с переходом с Виндовс на Линукс (да простят меня инженеры-линуксоиды). Ясно что этим почти никто не будет заниматься и даже вряд ли многие будут писать нашему посреднику, взявшему на себя эту долю простановщика новых АИ в ВД, в итоге получим увеличение доли недоработок и недостабов. Но и здесь проблема с НТЗ: в систематике может и не быть единого взгляда на классификацию конкретного объекта и его синонимы. И какой источник тогда будет главнее, американский, западноевропейский или российский? Могут ли в англовики, дойчевики и рувики одновременно быть разные классификации на основе одной и той же базы Викиданных? Сейчас без неё могут, а при переходе на зависимость от ВД? Пока главный и самый быстро реагирующий на все новые АИ проект в области таксономии это ВикиВиды, потом англовики и рувики. Если англовики и Викивиды перейдут на Викиданные, тогда посмотрим на их опыт и снова вернёмся к дискуссии. --Hard79 (обс.) 21:58, 18 июля 2018 (UTC)
  • Совершенно верно. Гляжу на то, сколько номен-нудумов, синонимов и инфравидовых форм числятся в ВД в ранге вида - и непонятно, что с этим всем делать. Откуда берутся эти записи, ведь таких видов не признаёт ни одна систематика уже лет сорок. Получается, пара латинских слов зажила своей особой, отличной от ботанического смысла, жизнью. И непонятно, как её приводить в чувство (учитывая, что современных систематик несколько, и в них эта пара слов может иметь разные толкования и разные ранги - и всё это надо как-то оформить параллельными ВД-стейтментами). А что творится на верхних этажах систематики и вовсе ах. Retired electrician (обс.) 23:51, 18 июля 2018 (UTC)
  • Не надо, таксоны, по которым формируются мастер-листы, оперативно правятся в Викиданных (вирусы и птицы). Самая большая проблема — мало кто их не связывает при смене родового названия. Особенно это заметно по вирусам, где при ревизии может смениться абсолютно всё одновременно: научное название вида, рода, сам род и даже семейство, в котором он находится. — VladXe (обс.) 03:52, 19 июля 2018 (UTC)
    • И только по вирусам и птицам есть мастер-листы? Ну их же менее 1% биоразнообразия, а остальные как? Или у нас шаблон таксон только для вирусов и птиц существует. Интересно, а где узнать и посмотреть на эти мастер-листы (раз уж один участник знает), как часто они обновляются и т.д.? Либо кто-то там имеет к ним повышенный интерес и поэтому отслеживает изменения (что маловероятно), либо просто только по ним нашли обновляемые базы, а по другим таковых нет (а жаль). --Hard79 (обс.) 07:12, 19 июля 2018 (UTC)
      • Птицы, вирусы. Может и по остальным таксонам есть, кто их знает. По этим двум таксонам существует международно признанная и официальная организация (во втором случае в международных биологических документах так и заявлено — таксоном вирусов считается то, что зарегистрировано в ICTV как таксон вирусов). По другим таксонам если и есть международные организации, то они или не приняты на достаточном уровне, или не выпускают мастер-листы, а ботов, способных продраться через древо рангов, в Викиданных я не видел. К таким организациям можно отнести WoRMS и её партнёров. В ботанических БД не разбираюсь, там вроде несколько конкурирующих организаций / сайтов. Точно знаю, что у цветковых на уровне порядков и семейств утвердилась система APG, уже IV-ая, а по остальным таксонам — не владею информацией. В бактериологии раньше была в авторитете LPSN, выросшая из справочника Берджи, но в этом году появились данные об устаревании, тот же UniProt даёт чуть другую систематику гамма-протеобактерий. А вообще биосистематика — самая конфликтная наука, потому что всем хочется остаться в истории, поэтому следующее поколение учёных радостно хоронит теории предыдущего, чтобы самим увековечится после научного названия какого-нибудь инфракласса или когорты (всё остальное уже разобрано предками). — VladXe (обс.) 08:31, 19 июля 2018 (UTC)
        • Комментарий: я немножко за историей таксономии вирусов и за движком, на котором она работает, слежу. Там достаточно прозрачный движок сайта и можно на викидате хранить всю историю таксонов, в автоматическом режиме соотносясь с деятельностью ICTV. Вопрос только в том, есть ли на викидате человек, готовый этим заниматься, — если меня с ним свести, всё будет работать стабильно. სტარლესს 21:52, 20 июля 2018 (UTC)
          • Будет ли он этим заниматься — на это ответить может только он, я уже 2 раза с новостью о вышедших обновлениях обращаюсь к Succu. — VladXe (обс.) 06:50, 21 июля 2018 (UTC)

Итог

Вернул тему из архива, т. к. важная. Ответом мало (3), но они все отрицательные. Если этот предварительный итог в течение недели не будет оспорен, то станет постоянным: ПРО:БИО установило консенсусом, что иерархическое древо таксонов живых организмов, представленное в Викиданных, невозможно без локальной доработки использовать в статьях Русской Википедии. --VladXe (обс.) 07:25, 19 августа 2018 (UTC)

• Окончательный итог равен предварительному. --VladXe (обс.) 19:57, 9 сентября 2018 (UTC)

Анапсиды — есть ли живые?

Вопрос к проекту: пора ли на всех уровнях (категории, шаблоны) зафиксировать положение, что черепахи — это диапсиды, а анапсиды являются полностью вымершим подклассом пресмыкающийся? --VladXe (обс.) 18:14, 5 августа 2018 (UTC)

• Всё больше и больше данных за диапсидную теорию: Учёные выяснили, как выглядел предок всех черепах. — VladXe (обс.) 16:23, 24 августа 2018 (UTC)
  • Раз возражений нет, то черепахи везде будут представлены как диапсиды — VladXe (обс.) 19:59, 9 сентября 2018 (UTC)

запросы на создание?

Не нашёл куда написать запрос на создание en:Nylon-eating bacteria?

На странице Проект:Биология в разделе "Недостающие статьи" не вижу списка по микроорганизмам. :(

• Раздел 13 Бактерии, но Вам в раздел 38.5 Запросы отдельных участников. --VladXe (обс.) 07:54, 7 августа 2018 (UTC)
  • Спасибо!

Классификация лёгочных улиток от WoRMS

Вопрос к проекту: следует ли переделывать классификацию неморских брюхоногих по WoRMS? Они пользуются свежими базами данных MolluscaBase, которые заметно отличаются от классификации, представленной в рувики. Викивиды, фран- и девики не перешли на эту классификацию, англовики застыла на середине (высшие таксоны переведены, отряд и ниже — нет). --VladXe (обс.) 07:08, 8 августа 2018 (UTC)

В английской версии статьи написано, что в январе 2018 г. в эл. виде появилась улучшенная классификация 2005 года, используемая до сих пор в рувики: doi:10.4002/040.061.0201. Палеонтологический институт РАН, судя по участию его сотрудника в авторах, против такой классификации возражать не будет. Как эта классификация соотносится с БД MolluscaBase, я ответить не могу — полную версию не видел. --VladXe (обс.) 07:26, 8 августа 2018 (UTC)

Кто-нибудь может определить чайку?

Кто-нибудь может определить чайку?

Сфотографирована на озере Ханка, Приморский край, этим летом. --A. C. Tatarinov (обс.) 23:22, 9 августа 2018 (UTC)

Судя по пёстрому оперению, это ещё слёток --Anaxibia (обс.) 05:34, 10 августа 2018 (UTC)

Значит, вид не определить? --A. C. Tatarinov (обс.) 00:56, 11 августа 2018 (UTC)

Не знаю. Никогда вопросом не интересовался. Теоретически, думаю, вполне вероятно. Вам бы фото разместить где-то на форуме «бердвотчеров» наблюдателей птиц. Думаю в проф. и полупроф. среде гораздо больше шансов, чем здесь --Anaxibia (обс.) 08:26, 11 августа 2018 (UTC)

@A. C. Tatarinov: На одном из подобный форумов ответили, что по слетку «с такого ракурса нет возможности определить до вида, нужно развернутое крыло». --Anaxibia (обс.) 13:07, 11 августа 2018 (UTC)

Амблиопсовые

Добавьте, пожалуйста, таксобокс - Vald (обс.) 11:42, 12 августа 2018 (UTC)

• Сделано. — VladXe (обс.) 12:36, 12 августа 2018 (UTC)

Полосатый мероу

Здравствуйте. Прошу совета. Как оказалось, таким русским названием в словарях называют два разных вида рыб: Epinephelus striatus и en:Epinephelus aeneus. Что лучше, сделать дизамбиг из двух значений или удалить совсем? Землеройкин (обс.) 12:07, 25 августа 2018 (UTC)

Оставить, использовать Ш:О. С уважением, Demidenko 15:28, 25 августа 2018 (UTC)

Прошу прощения, я забыл уточнить, сейчас Полосатый мероу — перенаправление на Бурополосая черна = Epinephelus striatus. Статьи о другом виде пока нет, но теоретически она может появиться. Наверное Ш:О тут не подойдёт, по крайней мере я не понимаю, как его использовать. Землеройкин (обс.) 15:51, 25 августа 2018 (UTC)

• Написать во 2-м абзаце статьи, что часть источников используют название полосатый мероу для вида Epinephelus aeneus^[10]. — VladXe (обс.) 17:02, 25 августа 2018 (UTC)

Спасибо. Послушал вас и сделал по-своему: [1]. Землеройкин (обс.) 16:51, 26 августа 2018 (UTC)

• Тоже правильный вариант. — VladXe (обс.) 16:55, 26 августа 2018 (UTC)

Оцените новый источник

Просьба к участникам проекта оценить новый источник для выполнение ВП:ИС/Таксоны, в котором много названий вымерших млекопитающих: Разнообразие млекопитающих / О. Л. Россолимо, И. Я. Павлинов, С. В. Крускоп, А. А. Лисовский, Н. Н. Спасская, А. В. Борисенко, А. А. Панютина. — М.: Изд-во КМК, 2004. — 408 с. — (Разнообразие животных). — ISBN 5-87317-098-3.: Часть I, Часть II и Часть III. --VladXe (обс.) 20:18, 4 сентября 2018 (UTC)

• "В первую очередь здесь следует указать предложенное геносистематиками разделение эутериевых млекопитающих на две основные группы — Afrotheria и Boreoeutheriа" - это мейнстрим? Sir Shurf (обс.) 21:34, 4 сентября 2018 (UTC)
  • Систематика в этом источнике явно устарела, поэтому не факт. Но другие источники, попадавшиеся в последнее время по палеосистематике млекопитающих, вроде бы эту дихтомию поддерживают. — VladXe (обс.) 05:31, 5 сентября 2018 (UTC)
• В общем-то источник мне кажется весьма солидным. Sir Shurf (обс.) 21:41, 4 сентября 2018 (UTC)
• На случайно открытой странице увидел «дельтеридии (Deltatheridium)». Видимо, ничем не хуже прочих источников о скелетиках со странностями. К слову, давно уже жду хоть какое-нибудь издание, в котором Muehlbergella oweriniana названа адекватно. Пока видел только варианты «мюленбергелла» и «мюхлбергелла». --Convallaria (обс.) 14:33, 5 сентября 2018 (UTC)

Итог

Раз возражающих нет, то источник объявляется авторитетным, но на уровень ниже, чем Пятиязычный словарь и Полная иллюстрированная энциклопедия. «Млекопитающие». Для использования лучше пользоваться шаблоном {{Книга:Разнообразие млекопитающих}}. --VladXe (обс.) 09:45, 13 сентября 2018 (UTC)

Русский язык и преамбула

Грамотеи опять покушаются на преамбулу статей о таксонах, содержащие синонимы русских эквивалентов. Честно говоря, уже устал от этого вопроса. Просьба участникам проекта подтвердить в том разделе статус-кво, потому что они там нарешают, а нам потом треть статей переделывать. {Ворча}: такое ощущение, что у ПРО:БИО других забот нет, кроме как пунктуацию переделывать. --VladXe (обс.) 14:30, 19 сентября 2018 (UTC)

• Я с моими шестью классами советской школы даже близко подходить не буду... Sir Shurf (обс.) 06:39, 20 сентября 2018 (UTC)

Шаблон:Ретровирусы

Любопытный казус... Тут между уважаемыми участниками у:VladXe и u:Minina произошло следующее разногласие: у нас принято, что основное название таксона это его латинское научное название, и в статьях следует использовать именно его, а русскоязычное название допустимо только при наличии на него АИ, но ни в коем случае не допустимо самим его переводить. В данном шаблоне имеется несколько новых вирусов, у которых нет латинского названия, а есть названия на английском. VladXe считает, что самостоятельный перевод названий с английского недопустим так же как с латинского, а Minina считает, что раз латинского названия нет, а есть только локальное, английское, то нет необходимости использовать в русскоязычном разделе именно его, а можно его дословно самостоятельно перевести. Какие будут мнения? С уважением, Sir Shurf (обс.) 20:44, 24 сентября 2018 (UTC)

• А как это, нет латинского названия? Если нет латинского названия — нет и таксона, или правила систематики поменялись? Землеройкин (обс.) 20:49, 24 сентября 2018 (UTC)

• Я тоже удивился, но оказалось что именно для вирусов такое возможно. Понятно что это временное состояние, но оно может оставаться временным неопределённо долго (как я понимаю до выхода в свет новой версии классификации по Балтимору). Sir Shurf (обс.) 21:11, 24 сентября 2018 (UTC)
• Для вирусов действует Международный кодекс классификации и номенклатуры вирусов (МККиНВ: англ. оф. версия), а у него как таковой биноминальной номенклатуры нет, все требования к названия видам вирусам изложены в п. 3.21 и 3.22: быть уникальным, определять свойства вируса и содержать корень -virus-. В последние годы названиям вирусов пытаются привить черты биноминальности, т. е. чтобы название вида содержало название рода, но количество слов никто не ограничивает, поэтому монстры с т. з. номенклатуры клеточных организмов у вирусов являются нормой: Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (название 2016 года) — VladXe (обс.) 22:28, 24 сентября 2018 (UTC)

• Никакого казуса. 1) Официальное английское название вида вирусов, то есть зарегистрированное в ICTV, является его научным названием, следовательно, на него распространяются требования к латинским научным названиям. 2) Читаем п. 2.3 решения АК:561: «2.3. Арбитражный комитет считает, что самостоятельный перевод латинского названия таксона на русский язык не является тривиальной операцией, поскольку, как было показано в обсуждении, зачастую допустимы несколько вариантов перевода одного и того же слова. Поэтому Арбитражный комитет считает самостоятельный перевод латинского названия таксона оригинальным исследованием и не рекомендует участникам использовать его для названия статьи. Арбитражный комитет также считает некорректным сравнение перевода и транслитерации (например, названий географических объектов), поскольку транслитерация гораздо более формализована и как правило не допускает двойных толкований». 3) Я ещё тот лингвист, но приходилось переводить с английского на русский, и редкая лексема имеет только один перевод, обычно 1—3 общих перевода и несколько узко специальных. Таким образом перевод с английского — такая же нетривиальная операция, как перевод с латыни, следовательно на неё для таксонов согласно духу правил должно распространяться решение это решение АК. Для примера: лентивирус Caprine arthritis encephalitis virus в одном АИ переведён как вирус артритозного энцефалита коз и овец, а в другом как вирус артрита-энцефалита коз. — VladXe (обс.) 22:14, 24 сентября 2018 (UTC)
• Я тоже думаю, самостоятельно переводить не надо, это будет орисс. Если есть (в АИ) устоявшееся русскоязычное название, тогда использовать его. Землеройкин (обс.) 06:26, 25 сентября 2018 (UTC)
• А что в шаблоне — вирусы или виды? Если виды и другие таксоны, то их вообще переводить нельзя, по ICTV допустимо только официальное англолатинское название курсивом. А если вирусы, то зависит от наличия устоявшегося названия. Разница между вирусом и видом вируса достаточно подробно изложена в пояснениях к нормативным документам ICTV, думаю, здесь её дополнительно пояснять не надо. სტარლესს 11:19, 25 сентября 2018 (UTC)
  • Да вот не надо. По «ICTV допустимо только официальное англолатинское название курсивом» — это для научных названий. Есть такое понятие, как русский эквивалент — лат. Felis = рус. кошки и англ. Viruses = рус. вирусы. В шаблоне в первых двух больших строках на время подписи — таксоны вирусов либо их русские эквиваленты. Госпожа Minina хочет, чтобы для вирусов вместо русских эквивалентов использовались переводы на русский. — VladXe (обс.) 11:38, 25 сентября 2018 (UTC)
    • Я не знаю, что такое русский эквивалент вирусного таксона для видов. Русские названия соответствуют вирусам, но не таксонам (потому что с чего бы?). Для верхних таксонов русские эквиваленты генерятся тривиальной транслитерацией. სტარლესს 05:00, 27 сентября 2018 (UTC)
      • 1) Вирусологического таксона, а не вирусного. Первый термин встречается в АИ, второй — слишком неоднозначный. 2) С 2016 года название вируса (изолята) в общем случае не соответствует научному названию вида вирусов, у всех бактериофагов корень -phage- заменили на корень -virus-, в литературе и обиходе используются оба названия, но как таксон — только второй. В Википедии статьи именно о видах вирусов, потому что изоляты обычно не соответствуют ОКЗ. — VladXe (обс.) 07:33, 27 сентября 2018 (UTC)
• @Sir Shurf: а вообще о чём спор? Читаем внимательно второй абзац ВП:ИС/Таксоны. Или если статьи в рувики нет, то правила соблюдать не стоит? — VladXe (обс.) 11:58, 25 сентября 2018 (UTC)

Sir Shurf, попутный вопрос к бюрократу. Сейчас второй пункт не полностью отражает действующее положение: ICTV регулирует не только вирусы, но и вироиды и Satellite nucleic acids (русского эквивалента нет, группа объединяет сателлиты без капсида). Для убирания этой лакуны нужно заменить в тексте ВП:ИС/Таксоны «о вирусах» на «о вирусы, вироидах и сателлитах». Это на ВП:ПРА обсуждать? --VladXe (обс.) 12:03, 25 сентября 2018 (UTC)

• На мой взгляд это тривиальное уточнение, которое не требует обсуждения. Но поскольку я могу ошибаться, то поряка ради, действительно стоит вынести на обсуждение Ф-ПРА. С уважением, Sir Shurf (обс.) 06:19, 28 сентября 2018 (UTC)
  • Сделано: ВП:ПРА#Малое изменение ВП:ИС/Таксоны. — VladXe (обс.) 09:36, 28 сентября 2018 (UTC)