Вода в Байкале холодная — температура поверхностных слоёв даже летом не превышает +8 — +9 °C, а в отдельных заливах и [[Сор (залив Байкала)|сорах]] +15 °C (максимальная зафиксированная температура +23 °C). Температура глубинных слоёв — около +4 °C.<ref name="baikal-t">{{cite web|author = |url = http://baikal.ru/ru/baikal/faqs/baikal_info_weather.html |title = Погода на Байкале |lang = ru |website = baikal.ru |date = |accessdate = 2019-04-06 |deadlink = no}} ЦНИТ ИГУ. — Baikal.ru</ref>.
Уникальный состав<ref>{{Статья|автор=Рогов В.Ю.|заглавие=О направлениях инновационных разработок по идентификации и крупнотоннажному розливу
природной байкальской воды|ссылка=|язык=|издание=Вестник Иркутского государственного технического университета|тип=|год=2013|месяц=|число=|том=|номер=7|страницы=44-50}}</ref> и колоссальный объем (23 тыс. куб. км) пресной воды послужили причиной включения озера в состав участков Всемирного природного наследия, принятия Федерального закона и постоянного внимания российской и международной общественности к проблемам охраны озера Байкал. До 1992 года Слюдянским отделом рабочего снабжения Восточно-Сибирской железной дороги производилась вода питьевая натуральная Байкальская, гидрокарбонатная кальциевая на основе воды из водопроводной сети, забираемой из поверхностного слоя озера Байкал у г. Слюдянки.
Но из-за недостатков и непостоянных характеристик сырья в 1991 году распоряжением Правительства РСФСР от 16.12.1991 № 149-р «О развитии производства глубинной байкальской питьевой воды» Лимнологическому институту (ЛИН) Сибирского отделения Академии наук СССР было поручено организовать в 1992—1993 годах опытное производство глубинной байкальской питьевой воды в объеме 20 млн. бутылей в год.
Это послужило поводом для разработки в 1992 г. в ЛИН СО РАН документа «Способ получения Байкальской питьевой воды» (патент № 2045478 от 1992 г.) и дальнейшего производства бутилированной глубинной байкальской воды крупнейшими предприятиями как ООО «АКВА», ООО «Вода Байкала», ООО «Аква «Байкал» и «Baikalsea Company». Одним из главных требований для водозабора является то, что вода берется с глубины 100-300 м от дна (глубина от поверхности не менее 400 м), из так называемого «ядра» или «линзы» Байкала, где она защищена водной толщей от поверхностного загрязнения и где сохраняется постоянная температура 4,2° С<ref>{{Cite web|url=http://csl.isc.irk.ru/BD/oxrana%20okruj%20credi/%D0%B1%D0%B0%D0%B9%D0%BA%D0%B0%D0%BB%20%D0%B3%D0%BE%D1%81%20%D0%B4%D0%BE%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B42013.pdf|title=Государственный доклад по Байкалу|website=|date=2013|publisher=}}</ref>. Из-за специфики производства и сложности технологий водозаборных станций такая вода представлена в сегменте премиум как, например, «Legend of Baikal» или «Baikal430”.
Вода в озере настолько прозрачна, что отдельные камни и различные предметы бывают видны на глубине до 40 метров<ref name="Галазий Г. И. Байкал в вопросах и ответах" />. Это обычно бывает весной, когда вода в озере синего цвета. Летом же и осенью, когда в прогретой солнцем воде развивается масса растительных и животных организмов, [[Прозрачность (гидрология)|прозрачность]] её снижается до 8—10 м, и цвет становится сине-зелёным и зелёным.
