Будучи футболистом Витория никогда не выступал в клубах рангом выше третьего дивизиона, а сразу по завершениюзавершении игровой карьеры в 2003 году перешёл на тренерскую работу. На протяжении двух лет Витория являлся тренером юношеской команды лиссабонской «[[Бенфика (футбольный клуб, Лиссабон)|Бенфики]]». В 2006 году Руй возглавил клуб третьего дивизиона «[[Фатима (футбольный клуб)|Фатима]]» и через три года сумел вывести его во второй дивизион. В 2010 году специалист возглавил клуб высшего дивизиона чемпионата Португалии «[[Пасуш де Феррейра]]», с которым сумел дойти до финала кубка португальской лиги, но в финале уступил «Бенфике». В 2011 году Витория стал главным тренером клуба «[[Витория (футбольный клуб, Гимарайнш)|Витория]]» из города [[Гимарайнш]], с которым в 2013 году сумел завоевать первый серьёзный трофей в тренерской карьере — Кубок Португалии, на этот раз переиграв в финале всё ту же «Бенфику» (этот трофей стал первым для клуба за всю его историю). 11 июня 2015 года «Бенфика» подтвердила, что новым главным тренером команды станет Руй Витория<ref>[http://www.sports.ru/football/1030482854.html «Бенфика» подтвердила назначение Руя Витории]</ref>.
