В [[1606 год]]у с приходом к царскому престолу Василия Ивановича Шуйского (Василий IV), Михаил Васильевич Скопин-Шуйский назначен воеводой. Активно участвовал в подавлении [[восстание Болотникова|восстания]] [[Болотников, Иван Исаевич|Ивана Болотникова]]. Сначала отряд под его командованием остановил войско Болотникова на реке [[Пахра|Пахре]], заставив последнего идти на Москву более длинной дорогой, что обеспечило городу и царским войскам дополнительное время для подготовки обороны. Во время [[осада Москвы (1606)|осады Москвы]], Скопин-Шуйский руководил активными военными действиями за пределами крепостных стен. В ходе генерального сражения под Москвой в начале декабря 1606 года Скопин-Шуйский со своим полком наступал «от Серпуховских ворот» и «''воров побили и живых многих поймали''». Сам Иван Болотников бежал с остатками своей армии в [[Калуга|Калугу]]. В [[осада Калуги|осаде Калуги]] Скопин-Шуйский также принимал деятельное участие, руководив «особым полком под другую сторону Калуги».
Своими успешными действиями и незаурядным умом, 22-летний воевода снискал себе большое всеобщее уважение и был поставлен во главе передового войска, направляющегося к [[Тула|Туле]]. Именно туда отступил из Калуги Иван Болотников. В июне 1607 года на ближних подступах к Туле произошло крупное сражение. Болотниковцам, умело использовавшим топкость местности и деревянные [[Засека|засеки]], довольно долго удавалось сдерживать натиск дворянской конницы и лишь стрелецкие отряды смогли наконец оттеснить их за городские стены. Как отмечает военный историк [[Каргалов, Вадим Викторович|Вадим Каргалов]], этот опыт повлиял на Скопина-Шуйского, который впоследствии стал широко использовать деревянные укрепления-острожки против панцирной польской конницы<ref name="Каргалов">[[Каргалов, Вадим Викторович|Каргалов В. В.]] Московские воеводы XVI—XVII вв. — М.: ООО "ТИД «Русское слово—РС», 2002</ref>. После прибытия всего войска во главе с Василием Шуйским, Михаил Скопин-Шуйский участвовал в затяжной 4-месячной [[осада Тулы (1607)|осаде Тулы]], пока город не пал.
=== Борьба против польско-литовских интервентов и Лжедмитрия II ===
