Традиционно анапсиды рассматривались как [[монофилия|монофилетический]] таксон рептилий, однако выдвигались гипотезы о том, что некоторые группы рептилий с анапсидными черепами могут быть лишь отдалённо родственными по отношению друг к другу.
Ранее живыми представителями анапсид считались [[черепахи]]. Впервые черепахи отмечены в верхнем [[триас]]е, однако в то время они уже имели практически все анатомические особенности современных черепах, за исключением [[Карапакс черепах|карапакса]], то есть их формирование должно было начаться гораздо раньше — в частности, они уже имели суставы внутри рёберной клетки. Однако, все современные генетические исследования подтвердили ранее оспариваемую гипотезу о том, что черепахи представляют собой группу диапсидных рептилий с редуцированными височными окнами<ref>Crawford, Nicholas G.; Faircloth, Brant C.; McCormack, John E.; Brumfield, Robb T.; Winker, Kevin; Glen, Travis C. (2012). «More than 1000 ultraconserved elements provide evidence that turtles are the sister group to archosaurs»(PDF). ''Biology Letters''. '''8'''(5): 783—786. {{DOI|10.1098/rsbl.2012.0331}}, {{PMC|3440978}} .</ref><ref>Lee M. S. Y. (2013). Turtle origins: Insights from phylogenetic retrofitting and molecular scaffolds. ''Journal of Evolutionary Biology''. '''26''' (12): 2729–2738. {{doi|10.1111/jeb.12268}}. {{PMID|24256520}}.</ref><ref>''Tyler R. Lyson, Erik A. Sperling, Alysha M. Heimberg, Jacques A. Gauthier, Benjamin L. King'' MicroRNAs support a turtle + lizard clade // Biology Letters. — 2012-02-23. — Т. 8, вып. 1. — С. 104—107. — ISSN 1744-957X. — {{DOI|10.1098/rsbl.2011.0477}}.</ref>.
Большинство рептилий с анапсидными черепами, в том числе {{iw|миллереттиды|||Millerettidae}}, [[Nyctiphruretus|никтифруреты]] и [[парейазавры]], вымерли в позднем пермском периоде в ходе массового вымирания. [[Проколофономорфы]] дожили до триасового периода.
