Принц Иоахим Эрнст стал преемником своего отца герцога Эдуарда 13 сентября 1918 года, но в силу возраста (ему исполнилось лишь 17 лет) был назначен регент. Им стал дядя герцога — принц [[Ариберт Ангальтский]]. Однако 12 ноября 1918 года в ходе [[Ноябрьская революция|Ноябрьской революции]] герцог был свергнут, и его дядя подписал акт об отречении. Герцогство было преобразовано в [[Свободное государство Ангальт]].
В годы [[Вторая мировая война|Второй мировой войны]] Иоахим Эрнст состоял в [[Национал-социалистическая немецкая рабочая партия|НСДАП]] (с 1 ноября 1939 года)<ref name="Кантор">[{{Cite web|url=http://www.politjournal.ru/preview.php?action=Articles&dirid=175&tek=6331&issue=179 Кантор Ю. |title=Серебряный век реституции]|author=|website=|date=|publisher=Политический {{Waybackжурнал|urlaccessdate=2019-11-23|archiveurl=http://web.archive.org/web/20130509063226/http://www.politjournal.ru/preview.php?action=Articles&dirid=175&tek=6331&issue=179|datearchivedate=20130509063226 2013-05-09}}</ref>. Согласно «Призывному листу» бывшего правителя Ангальта он был зарегистрирован 21 сентября 1939 года в штабе второго запасного пехотного батальона, который располагался в [[Хальберштадт]]е<ref name="Кантор" />. Однако он был арестован криминальной полицией в [[Берлин]]е<ref name="Кантор" /> и с января по апрель [[1944 год]]а содержался в [[Дахау (концентрационный лагерь)|концлагере Дахау]], хотя в архиве концлагеря дело герцога отсутствует<ref name="Политика">[http://www.politjournal.ru/index.php?action=Articles&dirid=175&tek=6035&issue=172 Отдавать нельзя оставить!] {{Wayback|url=http://www.politjournal.ru/index.php?action=Articles&dirid=175&tek=6035&issue=172 |date=20130429184226 }}</ref>. После вмешательства шефа [[СС]] [[Гиммлер, Генрих|Генриха Гиммлера]] Иоахим Эрнст был выпущен на свободу<ref name="Политика" /> . Содержание в лагере впоследствии позволило заявлять о его преследовании « за антифашистские убеждения<ref name="Время">[http://www.vremya.ru/2005/80/13/124679.htm Как герцог Ангальт борется за серебряный кубок]{{Недоступная ссылка|date=Июнь 2018|bot=InternetArchiveBot }}{{недоступная ссылка|accessdate=2014-02-20}}</ref>». Но ''Бригитта ван Канн'', славист, специализирующаяся на российско-германской проблематике Второй мировой войны и послевоенного времени, считает, что столь кратковременное заключение было связано с тем, что Иоахим Эрнст имел в Дахау категорию «принудительные работы», которую получали лица, совершившие административные или уголовные проступки<ref name="Политика" /><ref name="Время" />.
Группой [[Народный комиссариат внутренних дел СССР|НКВД СССР]] 3 сентября [[1945 год]]а Иоахим Эрнст Ангальтский был арестован как член фашистской партии и крупный землевладелец, использовавший в ходе войны труд [[Остарбайтеры|остарбайтеров]]. После ареста содержался в тюрьме городе [[Галле (Саксония-Анхальт)|Галле]]<ref name="Время" />. С марта [[1946 год]]а находился в спецлагере НКВД, где скончался [[18 февраля]] [[1947 год]]а<ref name="Политика" /><ref name="Время" />.
