[[Файл:Шпиль Ленинградского вокзала (16019305292).jpg|185px|left|thumb|Шпиль башни Ленинградского вокзала, 2013 год]]В 2001 году на фасаде вокзала установили мемориальную доску одному из строителей железной дороги инженеру [[Мельников, Павел Петрович|Павлу Мельникову]]{{sfn|Вострышев|2011|с=538}}. В 2008—2013 годах в ходе проекта «[[Московские центральные диаметры|Наземное метро]]» проходила реконструкция здания вокзала. Во время работ общую площадь комплекса увеличили на {{nobr|8000 м²}}, из них 3000 предназначались для коммерческого использования. Изменили планировку вокзала, заменили вентиляцию, обустроили кассовую зону открытого типа и единый ресторанный двор. В этот же период был отремонтирован главный фасад здания под руководством реставраторов Антониды Густовой и Елены Степановой. Вокзалу вернули первоначальную цветовую гамму и утраченные архитектурные элементы, укрепили своды вестибюля, восстановили императорские залы на втором этаже, на первом — обновили уникальную [[Каслинское литьё|каслинскую]] [[чугун]]ную лестницу<ref>{{cite web|url=https://vm.ru/news/433516.html|title=Ленинградский первопроходец. Реставраторы восстановили уникальный исторический вид первого столичного вокзала|author=Михаил Полиев, Алексей Хорошилов|date=2017-11-12|publisher=Вечерняя Москва|accessdate=2018-09-03}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.the-village.ru/village/city/city/129789-breast|title=Ленина убрали с Ленинградского вокзала|author=Саша Добрянская|date=2013-08-2|publisher=The Village |accessdate =2018-09-03}}</ref>. Из главного зала демонтировали бюст Ленина, а перед зданием вокзала установили памятник архитектору Тону<ref>{{cite web|url=ttp://www.ntv.ru/novosti/638501/ |title=Ленинградский вокзал после четырех лет реконструкции потерял Ленина|author=Сергей Узаков |date=2013-08-02|publisher=Телекомпания НТВ|accessdate = 2018-09-03}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.intomoscow.ru/pamyatnik-tonu.html|title=Памятник Тону|date=2013-08-08|publisher=Intomoscow.ru|accessdate = 2018-09-03}}</ref>. Общая стоимость работ составила около 3 миллиардов рублей<ref name = rbklenin/><ref name= vmlenin>{{cite web|url=https://vm.ru/news/2013/08/02/leningradskij-vokzal-otkrilsya-posle-rekonstruktsii-207739.html|title=Ленинградский вокзал открылся после масштабной реконструкци|date=2013-08|publisher=Вечерняя Москва|accessdate=2018-09-03|archiveurl=https://web.archive.org/web/20180930231801/https://vm.ru/news/2013/08/02/leningradskij-vokzal-otkrilsya-posle-rekonstruktsii-207739.html|archivedate=2018-09-30|deadlink=yes}}</ref>. В 2018-м три платформы Ленинградского вокзала оснастили электронными табло повагонной нумерации для удобной ориентации пассажиров<ref>{{cite web|url=https://tass.ru/ekonomika/5308759|title=На платформах Ленинградского и Московского вокзалов появилась повагонная навигация|date=2018-06-20 |publisher=ТАСС|accessdate = 2018-09-03}}</ref>.
В июле 2009 года в федеральных СМИ появились сведения, что президент [[Российские железные дороги|РЖД]] [[Якунин, Владимир Иванович|Владимир Якунин]] подписал приказ о возвращении вокзалу исторического названия — Николаевский: {{цитата|Возвращение исконного названия связано со значительным вкладом российского императора Николая I в возникновение российских железных дорог и инициированием им строительства этого вокзала<ref>{{cite web|url=https://ria.ru/moscow/20090709/176827078.html|title=Ленинградский вокзал несколько часов побыл Николаевским|date=2009-07-09|publisher=Россия сегодня|accessdate=2018-09-03}}</ref>.}} Переименование было связано с реализацией договорённостей о сотрудничестве между РЖД и [[Московская патриархия|Московской патриархией]]. Ещё одной причиной стало обращение общественного фонда «[[Возвращение (фонд)|Возвращение]]»<ref>{{cite web|url=https://ria.ru/society/20090709/176801731.html|title =Якунин обещает вернуть исторические названия железнодорожным вокзалам|date=2009-07-09|publisher =РИА Новости|accessdate=2018-09-03}}</ref>. Якунин в эфире радиостанции «[[Эхо Москвы]]» заявил, что решение соответствует политике компании — «историзму и преемственности». И пообещал вернуть старые названия другим вокзалам страны. Несмотря на одобрение [[Русская православная церковь|Русской православной церкви]] и [[Институт российской истории РАН|Института российской истории РАН]], посчитавшего смену названия «исторически справедливой», заявление Якунина вызвало также и осуждение в обществе. Например, представители [[Коммунистическая партия Российской Федерации|КПРФ]] заявили, что это действие направлено на «разжигание политической конфронтации». [[Пресс-служба]] РЖД объявила, что из-за технической ошибки в СМИ появился непроработанный проект<ref>{{cite web|url=https://ria.ru/moscow/20090713/177208488.html|title=Переименование Ленинградского вокзала оправданно - историки|date=2009-07-13|publisher=Россия сегодня|accessdate=2018-09-03}}</ref>.
