Однонуклеотидный полиморфизм: различия между версиями

м
→‎Базы данных: оформление, стилевые правки
м (→‎Области применения: стилевые правки, пунктуация)
м (→‎Базы данных: оформление, стилевые правки)
== Базы данных ==
Для SNPs существует большое количество баз данных. Ниже приведены некоторые из них.
* '''{{iw|dbSNP}}'''<ref>{{статья|заглавие=Database resources of the National Center for Biotechnology Information|издание={{iw|Nucleic Acids Research}}|язык=en|тип=journal|автор=Wheeler et al.|год=2007}}</ref> — база данных SNP''SNPs'', свободный общественный архив, содержащий данные по наследственной изменчивости различных видов, разработанный и поддерживаемый [[NCBI]] (''National Center for Biotechnology Information'' — [[Национальный центр биотехнологической информации]] США). Хотя такое название базы данных подразумевает, что там собран только один класс полиморфизмов, а именно ''SNPs'', на самом деле она содержит большое количество информации и о других молекулярных изменениях в аминокислотных последовательностях. ''dbSNP'' была создана в сентябре 1998 года в дополнение к ''[[GenBank]]'', в котором представлены нуклеотидные и аминокислотные последовательности, находящиеся в свободном доступе<ref>{{статья|заглавие=dbSNP - database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation|издание={{iw|Genome Research}}|язык=en|тип=journal|автор=Sherry et al.|год=1999}}</ref>. К 2010 году ''dbSNP'' содержала большесыше 184 миллионов последовательностей, представляя более 64 миллионов различных вариантов для 55 организмов, включая ''[[Homo sapiens]]'', ''[[Mus musculus]]'', ''[[Oryza sativa]]'' и множество других<ref>Полный список организмов можно найти по ссылке: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_summary.cgi] SNP summary.]</ref>.
* '''{{iw|SNPedia}}''' — биоинформатический вики-сайт, который служит как база данных SNP''SNPs''. Каждая статья про отдельные ''SNPs'' предоставляет собой краткое описание, ссылки на научные статьи, и, кроме того, информацию со микрочипамикрочипе, просодержащем однонуклеотидный полиморфизм данного типа. ''SNPedia'' помогает в интерпретации результатов собственной генетической информации с помощью таких программ как, например, ''[[Promethease]]'', ''[[23andMe]]'', [[''{{iw|Navigenics]]}}'', [[''{{iw|deCODE genetics|deCODEme]]}}'' или [[''{{iw|Knome]]}}''<ref>{{статья|заглавие=SNPedia: A Wiki for Personal Genomics|издание=Bio-IT World|язык=en|автор=Cariaso, Michael|год=2007}}</ref>. ''SNPedia'' была создана и поддерживается генетиком Грегом Ленноном и программистом Майком Кариазо. К 14 сентября 2017 года в базе данных содержалось 107 125{{nts|107125}} однонуклеотидных полиморфизмов<ref>{{статья|заглавие=SNPedia: a wiki supporting personal genome annotation, interpretation and analysis|издание=Nucleic Acids Research|язык=en|тип=journal|автор=Cariaso, Michael; Lennon, Greg|год=2011}}</ref>.
* База данных '''{{iw|GWAS Central}}''' выдает краткое содержание объединенных данных в одном или нескольких полногеномных исследованиях. В этой базе данных представлено наиболее полное собрание ''[[P-значение|p-value]]'' ассоциаций. ''GWAS Central'' использует мощные графические и текстовые методы представления данных для открытия и одновременной визуализации многих однонуклеотидных полиморфизмов. Исследователям также предоставляется возможность просматривать их персональные данные рядом с выбранными. Кроме того, данные находятся в свободном доступе для скачивания их научными сообществами.
* '''[[Международный проект HapMap|Международный проект ''HapMap'']]''' — организация, целью которой является развитие карты [[гаплотип]]ов человеческого генома, которая будет описывать общие паттерны генетической изменчивости у людей. ''HapMap'' — основной ресурс для выявления генетической изменчивости, влияющую на здоровье, факторы окружающей среды и т. п. Вся предоставляемая информация находится в свободном доступе. Этот проект — результат сотрудничества различных групп ученых из Канады, Китая, Японии, Нигерии, Великобритании и США, окончательная версия которого увидела свет весной 2009 года. В определенном участке генома располагается набор свободных SNP''SNPs'' (''Tag SNPSNPs''), которые хорошо коррелируют со всеми остальными SNP''SNPs'' в данном участке. Далее, изучив [[аллели]] свободных SNP''SNPs'', можно с большей вероятностью определить гаплотип индивидуума. Так определяют гаплотипы у нескольких представителей (некоторые болеют определенным заболеванием, а другие нет), а потом, сравнивая две группы, определяют наиболее вероятное расположение SNP''SNPs'' и гаплотипов, которые вовлечены в заболевание.
* '''MirSNP''' — база данных однонуклеотидных полиморфизмов, изменяющих сайты связывания [[микроРНК]]. В ней содержится 12 846{{nts|12846}} ''SNPs'', включая 1940 ''SNPs'' в пре-микроРНК<ref>{{статья|заглавие=MirSNP, a database of polymorphisms altering miRNA target sites, identifies miRNA-related SNPs in GWAS SNPs and eQTLs|издание={{iw|BMC Genomics}}|язык=en|тип=journal|автор=Chenxing Liu et al.|год=2012}}</ref>.
 
== Исследование SNPs ==