Однонуклеотидный полиморфизм: различия между версиями

м
викификация, оформление
м (→‎Исследование SNPs: пунктуация, оформление)
м (викификация, оформление)
Для SNPs существует большое количество баз данных. Ниже приведены некоторые из них.
* '''{{iw|dbSNP}}'''<ref>{{статья|заглавие=Database resources of the National Center for Biotechnology Information|издание={{iw|Nucleic Acids Research}}|язык=en|тип=journal|автор=Wheeler et al.|год=2007}}</ref> — база данных ''SNPs'', свободный общественный архив, содержащий данные по наследственной изменчивости различных видов, разработанный и поддерживаемый [[NCBI]] (''National Center for Biotechnology Information'' — [[Национальный центр биотехнологической информации]] США). Хотя такое название базы данных подразумевает, что там собран только один класс полиморфизмов, а именно ''SNPs'', на самом деле она содержит большое количество информации и о других молекулярных изменениях в аминокислотных последовательностях. ''dbSNP'' была создана в сентябре 1998 года в дополнение к ''[[GenBank]]'', в котором представлены нуклеотидные и аминокислотные последовательности, находящиеся в свободном доступе<ref>{{статья|заглавие=dbSNP - database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation|издание={{iw|Genome Research}}|язык=en|тип=journal|автор=Sherry et al.|год=1999}}</ref>. К 2010 году ''dbSNP'' содержала сыше 184 миллионов последовательностей, представляя более 64 миллионов различных вариантов для 55 организмов, включая ''[[Homo sapiens]]'', ''[[Mus musculus]]'', ''[[Oryza sativa]]'' и множество других<ref>Полный список организмов можно найти по ссылке: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_summary.cgi SNP summary.]</ref>.
* '''{{iw|SNPedia}}''' — биоинформатический вики-сайт, который служит как база данных ''SNPs''. Каждая статья про отдельные ''SNPs'' предоставляет собой краткое описание, ссылки на научные статьи, и, кроме того, информацию о микрочипе[[ДНК-микрочип]]е, содержащем однонуклеотидный полиморфизм данного типа. ''SNPedia'' помогает в интерпретации результатов собственной генетической информации с помощью таких программ как, например, ''[[Promethease]]'', ''[[23andMe]]'', ''{{iw|Navigenics}}'', ''{{iw|deCODE genetics|deCODEme}}'' или ''{{iw|Knome}}''<ref>{{статья|заглавие=SNPedia: A Wiki for Personal Genomics|издание=Bio-IT World|язык=en|автор=Cariaso, Michael|год=2007}}</ref>. ''SNPedia'' была создана и поддерживается генетиком Грегом Ленноном и программистом Майком Кариазо. К 14 сентября 2017 года в базе данных содержалось {{nts|107125}} однонуклеотидных полиморфизмов<ref>{{статья|заглавие=SNPedia: a wiki supporting personal genome annotation, interpretation and analysis|издание=Nucleic Acids Research|язык=en|тип=journal|автор=Cariaso, Michael; Lennon, Greg|год=2011}}</ref>.
* База данных '''{{iw|GWAS Central}}''' выдает краткое содержание объединенных данных в одном или нескольких полногеномных исследованиях. В этой базе данных представлено наиболее полное собрание ''[[P-значение|p-value]]'' ассоциаций. ''GWAS Central'' использует мощные графические и текстовые методы представления данных для открытия и одновременной визуализации многих однонуклеотидных полиморфизмов. Исследователям также предоставляется возможность просматривать их персональные данные рядом с выбранными. Кроме того, данные находятся в свободном доступе для скачивания их научными сообществами.
* '''[[Международный проект HapMap|Международный проект ''HapMap'']]''' — организация, целью которой является развитие карты [[гаплотип]]ов человеческого генома, которая будет описывать общие паттерны генетической изменчивости у людей. ''HapMap'' — основной ресурс для выявления генетической изменчивости, влияющую на здоровье, факторы окружающей среды и т. п. Вся предоставляемая информация находится в свободном доступе. Этот проект — результат сотрудничества различных групп ученых из Канады, Китая, Японии, Нигерии, Великобритании и США, окончательная версия которого увидела свет весной 2009 года. В определенном участке генома располагается набор свободных ''SNPs'' (''Tag SNPs''), которые хорошо коррелируют со всеми остальными ''SNPs'' в данном участке. Далее, изучив [[аллели]] свободных ''SNPs'', можно с большей вероятностью определить гаплотип индивидуума. Так определяют гаплотипы у нескольких представителей (некоторые болеют определенным заболеванием, а другие нет), а потом, сравнивая две группы, определяют наиболее вероятное расположение ''SNPs'' и гаплотипов, которые вовлечены в заболевание.
* '''MirSNP''' — база данных однонуклеотидных полиморфизмов, изменяющих сайты связывания [[микроРНК]]. В ней содержится {{nts|12846}} ''SNPs'', включая 1940 ''SNPs'' в пре-микроРНК<ref>{{статья|заглавие=MirSNP, a database of polymorphisms altering miRNA target sites, identifies miRNA-related SNPs in GWAS SNPs and eQTLs|издание={{iw|BMC Genomics}}|язык=en|тип=journal|автор=Chenxing Liu et al.|год=2012}}</ref>.
 
== Исследование SNPs ==
Аналитические методы открытия новых SNP''SNPs'' и обнаружения уже известных ''SNPs'' включают:
 
'''''1. Гибридизационные методы'''''