Фруктозо-1,6-бисфосфатаза также играет ключевую роль в лечении [[Сахарный диабет 2-го типа|сахарного диабета 2 типа]]. Это заболевание характеризуется [[гипергликемия|гипергликемией]] (повышенной концентрацией глюкозы в крови), которая вызывает множество серьёзных проблем, и в лечении часто приходится акцентировать внимание на снижение [[Глюкозотолерантный тест|уровня сахара в крови]]<ref name="Dang">Dang,{{cite Qun, Paul Ddoi|10. Van Poelje, and Mark D. Erion. «The discovery and development of MB07803, a second1039/9781849735322-generation fructose-1,6-bisphosphatase inhibitor with improved pharmokinetic properties, as a potential treatment of type 2 diabetes.» RSC Drug Discoveries Series No 27. 2012. 306—323.Web.00306}}</ref><ref name="Hofmann">Hofmann, F.B. and Munchen. «Handbook of experimental pharmacology: Diabetes — perspectives in drug therapy.» Springer-Verlag Berlin Heidelverg 203 (2011). Web.</ref><ref name="Poelje">Poelje,{{cite P. D. Van, S. C. Potter, V. C. Chandramouli, et al. «Inhibition of Fructose 1,6-Bisphosphatase Reduces Excessive Endogenous Glucose Production and Attenuates Hyperglycemia in Zucker Diabetic Fatty Rats.» Diabetes 55.6 (2006): 1747—754. Web.pmid|16731838}}</ref>. Усиленный [[глюконеогенез]] в [[Печень|печени]] является одной из основных причин перепродукции глюкозы у этих больных, и поэтому ингибирование глюконеогенеза является разумным способом для лечения сахарного диабета 2 типа.
