Рахмон Набиев умер 11 апреля 1993 года в своём доме в [[Худжанд]]е, в 62-летнем возрасте. Согласно официальной версии, смерть наступила в результате [[Обширный инфаркт|обширного инфаркта]]. Его родственники и сторонники считалисочли его смерть неестественным и полагали, считая что онего предположительномогли былубить убит заинтересованными сторонами,заинтересованные работающимистороны в руководстве и правительстве Таджикистана. По словам супруги Набиева, на его теле были обнаружены кровоподтёки и другие очевидные следы насильственной смерти, которых не обнаружила экспертиза. Рахмон Набиев был похоронен в Худжанде, где были организованы государственные похороны. Похоронную комиссию возглавил тогдашний премьер-министр республики — [[Абдулладжанов, Абдумалик Абдуллаевич|Абдумалик Абдулладжанов]]. На похоронах присутствовали практически все члены руководства и правительства республики, в том числе председатель [[Верховный Совет Таджикистана|Верховного Совета Республики Таджикистан]] и фактический руководитель страны (так как [[Президент Республики Таджикистан|должность президента]] была упразднена уже пол года) — [[Рахмон, Эмомали|Эмомали Рахмонов]], а также зарубежные гости и послы иностранных государств<ref name="Похороны">{{cite news | title= Как хоронили лидеров стран СНГ|publisher=«[[Коммерсантъ]]» | url=http://www.kommersant.ru/doc.aspx?fromsearch=07fc82d0-6b60-4471-89ab-4ec6680ec352&docsid=762072| date=25.04.2007}}</ref>.
В память о Рахмоне Набиеве, по всему Таджикистану названы его именем улицы, школы и некоторые другие государственные учреждения и объекты.
