В [[634 год]]у он был избран на иерусалимскую кафедру. Это было время [[Арабское завоевание Сирии и Палестины|арабского завоевания]], и вскоре после взятия Иерусалима Халифатом в [[638 год]]у Софроний скончался.
При халифе [[Умар ибн аль-Хаттаб|Умаре]] мусульманские войска овладели Иерусалимом. После [[Битва при Ярмуке|битвы у реки Ярмук]] в военном лагере Аль-Джабия на Голанских высотах византийцы уступили арабам Иерусалим. Умар вошёл в город один, при этом одетый в простой плащ. Местное население было изумлено такому виду их завоевателя — оно было приучено к пышным и роскошным нарядам византийских и персидских правителей. Умар лично получил ключи от города из рук греческого православного патриарха Софрония и сказал: «Во имя Аллаха… ваши церкви будут сохранены в целости и сохранности, не будут захвачены мусульманами и не будут разрушены». Софроний, по просьбе халифа, показал ему местонахождения [[Храм Гроба Господня|храма Гроба Господня]], где мусульманский правитель помолился за пророка. Затем Умар спросил Софрония о том, где находится та самая гора, откуда, по преданию, Мухаммад вознесся ([[мирадж]]) на небо к Аллаху. Софроний не хотел сразу показывать то место, на котором раньше стояли величественные Иерусалимские храмы (первый и второй), а ныне находилась мусорная свалка. После долгого упорства патриарх привел Умара на эту гору и рассказал о её истории. Умар упал на колени, расчистив груды мусора, и вновь помолился. И тут спросил он Софрония о том, где находился тот самый храм. Патриарх решил обмануть Умара и сказал, что в северной части горы. Но рассудительный халиф не поверил словам Софрония, и приказал поставить мечеть в южной части горы, где она по сей день и находится.
