[[Файл:Кролики для БиоМолекулы.tif|мини|Иммуногенность пептидов для «ЭпиВакКороны» оценивалась с помощью измерения уровня антител, который провоцировал каждый тестируемый пептид после введения кроликам]]
Вакцина «ЭпиВакКорона» прошла доклинические исследования продолжительностью 4,5 месяца. Первичный скрининг пептидов для поиска наиболее иммуногенных пептидов шиповидного белка производился на животных. Измерялся уровень антител, который провоцировал каждый тестируемый пептид после введения кроликам. В тесте в качестве белка-носителя для изучаемых пептидов использовался белок [[гемоцианин]]<ref name="patent2743595" />. Специалисты высказывали критические замечания к вышеописанному методу выбора пептидов. В частности утверждалось, что метод мог привести к тому, что были выбраны пептиды, соответствующие тем участкам шиповидного белка, которые в природном (живом) вирусе недоступны для взаимодействия с антителами. В таком случае антитела, выработанные как ответ организма на иммунизацию этими пептидами в составе вакцины, не смогут связаться с живым вирусом и выполнить протективную функцию<ref name=":10">{{Cite web|lang=ru|url=https://biomolecula.ru/articles/problema-vybora-peptidov-dlia-epivakkorony|title=Проблема выбора пептидов для «ЭпиВакКороны» и разбор статьи разработчиков вакцины о клинических испытаниях первой и второй фаз|author=Ольга Матвеева|website=Биомолекула|access-date=2021-06-04}}</ref><ref name="novaya20210603" />. На шести видах животных (мышах, крысах, кроликах, африканских зелёных мартышках, макаках-резус, морских свинках) была показана безвредность вакцины по таким параметрам, как общая токсичность, аллергические свойства, мутагенная активность. На четырёх видах животных (хомяках, хорьках, африканских зелёных мартышках, макаках-резус) была показана специфическая активность: иммуногенность и защитные свойства в отношении нового коронавируса<ref name="РПН-ТОП20" />. Основные результаты доклинических исследований опубликованы в «Вестнике Российской академии медицинских наук»<ref name=":4">{{Статья|ссылка=https://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/article/view/1528|автор=Рыжиков А. Б., Рыжиков Е. А., Богрянцева М. П. и др.|заглавие=Иммуногенные и протективые свойства кандидатной пептидной вакцины против SARS-CoV-2|год=2021-04-12|язык=ru|издание=[[Вестник Российской академии медицинских наук]]|том=76|выпуск=1|страницы=5–19|issn=2414-3545|doi=10.15690/vramn1528}}</ref>.
