Хор возводит свою историю к указу императора Священной Римской империи [[Максимилиан I (император Священной Римской империи)|Максимилиана I]], который [[30 июня]] [[1498]] г., в связи с переездом императорского двора из Инсбрука в Вену, распорядился нанять, наряду с другими музыкантами, шестерых юных певчих для придворных богослужений и концертов; первым руководителем придворной капеллы стал священник [[Георг Златконя]]. На протяжении более 400 лет небольшой хор мальчиков существовал в составе [[Придворная капелла (Вена)|придворной капеллы]]; некоторые из певчих стали в дальнейшем заметными музыкантами — прежде всего, композиторы [[Якобус Галлус]], [[Франц Шуберт]] и [[Карл Целлер]], дирижёры [[Ганс Рихтер]] и [[Феликс Мотль]]. В XVIII—XIX вв. численность хористов колебалась по большей части от 14 до 20, они выступали исключительно при императорском дворе.
После распада [[Австро-Венгрия|Австро-Венгрии]] и провозглашения [[Австрийская республика|Австрийской республики]] новое правительство приняло под государственный патронат [[Венская придворная опера|Венскую придворную оперу]] с её взрослым хором и оркестром, но не капеллу мальчиков. Однако руководитель взрослого хора [[Йозеф Шнитт]] не смирился с этим и в [[1921]] г. воссоздал хор как отдельное частное заведение. С [[1926]] г. хор начал гастролировать и на протяжении десятилетия объехал весь мир, включая Австралию и Латинскую Америку. Репертуар хора значительно расширился, вплоть до детских опер. В [[1939]] г. Шнитта сменил на посту руководителя хора известный хоровой дирижёр [[Фердинанд Гроссман]]. К концу [[Вторая мировая война|Второй мировой войны]] хор был распущен и воссоздан после её окончания. В [[1948]] г. в распоряжение хора был предоставлен венский дворец Аугартен, где расположились как учебные помещения, так и дортуары. В [[1952]] г. по инициативе Шнитта был основан [[Венский хор]], состоящий из взрослых певцов, в прошлом певших в хоре мальчиков, и предназначенный, главным образом, для совместных выступлений.
В настоящее время численность Венского хора мальчиков составляет около 100 человек. Хор разделён на 4 группы, в обычных случаях концертирующие и гастролирующие раздельно и в совокупности дающие около 300 концертов в год.
