В мае [[1373 годагод]]а сын Елены и Иоанна V Палеолога [[Андроник IV Палеолог|Андроник]] и сын турецкого султана [[Мурад I|Мурада I]] Санджи Челеби, совместно подняли восстание против своих отцов, которое Мурад I быстро подавил. Андроник вместе со своим сыном [[Иоанн VII Палеолог|Иоанном]] были захвачены, однако вскоре бежали из плена в Галату. После этого Иоанн V сделал свои соправителем другого сына [[Мануил II Палеолог|Мануила]]. С помощью генуэзцев и сербского правителя Марко Кралевича Андронику с сыном удалось свергнуть Иоанна V с престола. Елена со своим мужем и сыном Мануилом попала попала в темницу, где находилась три года. 12 августа [[1376 год]]а [[Андроник IV Палеолог|Андроник]], вместе со своим сыном [[Иоанн VII Палеолог|Иоанном]] короновались как императоры Византии. Однако, благодаря султану [[Мурад I|Мураду I]] 1 июля [[1379 год]]а Иоанну V Палеологу удалось вернуть себе престол, а Андроник IV c Иоанном VII вновь бежали в контролируемый генуэзцами квартал Галата, захватив с собой в заложники и свою мать<ref>Barker J. W., Manuel II Paleologus (1391-1425). In: A Study in Late Byzantine Statesmanship, New Brunswick, N. J., 1969. с. 33-36.</ref>, Елену Кантакузин. Она оставалась в плену у своего сына до [[1381 год]]а, когда Иоанн V простил Андроника и дал ему в удел города на северном побережье Мраморного моря. Конфликт Иоанна V и Андроника IV продолжался до смерти последнего в [[1385 год]]у. Андроника IV сменил его сын Иоанн VII Палеолог, которому также удалось кратковременно свергнуть с престола своего деда Иоанна V Палеолога в [[1390 год]]у. Роль Елены в этом конфликте была незначительна, так как несколько источников даже не упоминают её. Иоанн V был восстановлен на престоле, но вскоре умер 16 февраля [[1391 год]]а. На престоле его сменил [[Мануил II Палеолог|Мануил]]. Елена пережила своего мужа и удалилась в монастырь Святой Марты приняв имя Хипомона («Терпение»). Она умерла 10 декабря [[1396 год]]а.
