Её отец, тогда ещё великий [[доместик]] [[Иоанн Кантакузин]] и будущий муж, малолетний [[император]] [[Иоанн V Палеолог]] были соперниками во время [[Гражданская война в Византии (1341—1347)|гражданской войны в Византии (1341 — 13471341—1347)]]. В [[1347 год]]у Иоанн Кантакузин вошёл в [[Константинополь]] и стороны заключили мировое соглашение, согласно которому Иоанн Кантакузин был признан как старший со-император Иоанна V Палеолога, пока тот не достигнет совершеннолетия. С целью скрепления договора Елена Кантакузин была выдана замуж за Иоанна V Палеолога. Бракосочетание состоялось [[28 мая]] - —[[29 мая]] [[1347 год]]а. На тот момент Елене было тринадцать лет, а её жениху только через месяц исполнялось пятнадцать. Мир между её мужем и отцом продолжался до [[1352 год]]а, когда Иоанн V Палеолог возобновил войну против своего соправителя. В апреле [[1353 год]]а Иоанн VI Кантакузин провозгласил её брата [[Матфей Кантакузин|Матфея]] своим и [[Иоанн V Палеолог|Иоанна V Палеолога]] соправителем. [[Патриарх Константинопольский (титул)|Патриарх]] [[Каллист I (Патриарх Константинопольский)|Каллист I]] отказался короновать сына Кантакузина и был смещён императором с патриаршего престола. Коронация Матфея состоялась лишь в феврале [[1354 год]]а при новом патриархе [[Филофей (Патриарх Константинопольский)|Филофее]]. [[4 декабря]] [[1354 год]]а Иоанн V Палеолог вынудил Иоанна VI Кантакузина отречься от престола и постричься в монахи. Матфей в течение ещё трёх лет отражал натиск Иоанна V и его союзников — сербов, болгар и турок. В [[1357 год]]у сербскому полководцу Воихне удалось взять Матфея в плен. Иоанн V Палеолог потребовал отречения Матфея от престола в [[Адрианополь|Адрианополе]]. Палеолог оставил соперника в живых, удовлетворившись его отречением от престола.
