10 апреля 2006 года в Мосгорсуде начались слушания по обвинению Губкина в терроризме, попытке насильственного захвата власти, мошенничестве и организации преступного сообщества. В августе 2006 г. приcяжные признали Губкина невиновным в организации преступного сообщества и подготовке к насильственному захвату власти, но признали его виновным в терроризме и мошенничестве. Он был приговорен к 19 годам лишения свободы (с учетом прежнего срока - 14 лет). 21 декабря Верховный суд РФ снизил ему срок наказания до 17 лет, сняв с него обвинение в попытке подрыва памятника Петру I в связи с добровольным отказом от совершения этого преступления.
В 2003 году приговопенныйприговоренный к 11 годам лишения свободы Белашев подал иск в [[ЕСПЧ]], обвинив российские власти в бесчеловечном обращении, унижающем его достоинство, и в нарушении права на справедливое судебное разбирательство. В частности, Белашев утверждал, что во время предварительного следствия его содержали в переполненной камере, так что заключенным приходилось спать по очереди. Кроме того, по его мнению, его права нарушило проведение суда в закрытом режиме. Евросуд признал, что права Белашева были нарушены и обязал Россию выплатить ему 10 тысяч евро за моральный ущерб и 220 евро в счет судебных издержек. В феврале 2010 года Верховный суд РФ на основании этого постановил пересмотреть дело Белашева. 31 марта 2010 года судья Мосгорсуда [[Чувашов, Эдуард Владимирович|Эдуард Чувашов]] предложил Белашеву признать вину и немедленно выйти на свободу в связи с истечением [[срок давности|сроков давности]]. Однако Белашев заявил, что намерен отстаивать свою невиновность и рассмотрение дела было продолжено. 26 мая 2010 г. Верховный суд РФ освободил Белашева под подписку о невыезде. 21 июня 2010 года Белашев был пригворенприговорен к 9 годам и шести месяцам лишения свободы (реально он уже отбыл на три месяца больше этого срока).
