Клуб основан в 2002 году. В сезоне 2004/05 «Арсенал» впервые участвовал в чемпионате Пермской области, а годом позже дебютировал во второй лиге российского первенства. Уже в своём дебютном сезоне канониры добились повышения в классе.
Сезон 2006/07 начался для новичка первой лиги весьма успешно. В первом же туре, проходившем в Екатеринбурге, команда выиграла все матчи. А первое поражение потерпела лишь в шестом. Однако затем в Перми начали привыкать к тому, что в сезоне бывают и поражения. "Университеты" первой лиги, которые "Арсенал" проходил весь чемпионат, не позволили, как годом ранее.
Сезон-2007/08 оказался для «канониров» успешным. Перед его началом руководство клуба поставило перед футболистами задачу занять места с 5-го по 8-е. Они с лихвой её перевыполнили. С первых же туров вошли в число лидеров и не опускались ниже четвёртого места на протяжении всего чемпионата. В итоге для того, чтобы участвовать в переходном турнире за право выступать в следующем сезоне в высшей лиге первенства России, команде не хватило всего лишь трех очков.
Сам же «Арсенал» сделал в сезоне-2008/09 ещё один шаг к высшей лиге. Пусть пермяки оказались в итоговой таблицы всего лишь пятыми, растеряв приличный ход в последнем туре первенства, зато получили бесценный опыт борьбы за высокие места, на протяжении всего сезона были одними из лидеров зонального турнира. Клуб пополнили как молодые, но уже поиграв в высшей лиги игроки.
В первой лиге пермяки провели четыре сезона, пока второе место не позволило им добиться повышения в классе. Сезон 2010/11 они начали в [[Высшая лига чемпионата России по мини-футболу|Высшей лиге]], втором дивизионе в структуре российского мини-футбола..
