После войны Минамото Ёритомо решил не переезжать в столицу для встраивания в структуры императорской власти, а править из КамакураКамакуры. В 1192 году он принял титул ''сэйи-тай-сёгуна'' («главнокомандующего, покоряющего варваров»), тем самым основав первый в истории Японии сёгунат. Из-за зависти и подозрительности он объявил вне закона собственного брата Минамото Ёсицунэ, выигравшего войну. После битвы при Дан-но-ура за Ёсицунэ в течение четырёх лет охотились по всей Японии как за диким зверем, пока он не совершил сэппуку на севере Хонсю (некоторые легенды утверждают, что Ёсицунэ бежал из Японии на материк, где принял имя «Чингис-хана»). В 1186 году Ёритомо уничтожил Минамото Юкииэ, а в 1193 году — Нориёри. После этого его власть стала абсолютной. В 1199 году Ёритомо умер, упав с коня; народная легенда утверждает, что конь взбрыкнул, завидев призрак Ёсицунэ.
