Протеом: различия между версиями

1634 байта убрано ,  7 лет назад
Нет описания правки
'''Протеом'''  — термин для обозначения всей совокупности [[белок|белков]] (протеинов) организма, производимых клеткой, тканью или организмом в определённый период времени. Или, более строго, это совокупность [[экспрессия генов|экспрессированных]] протеиновбелков в данном типе [[клетка (биология)|клеток]] или в организме, в данный период времени при данных условиях. Термин произошёлявляется путёмпроизводным [[словослияние|слиянияслова слов]] "«протеин"» и(белок), аналогичным по происхождению слову "«[[геном]]".» (совокупность всех генов организма).
 
Термин применялся к нескольким разным типам биологических систем. ''КлеточныйПротеом протеомклетки'' — - коллекциясовокупность белков, найденных в определённой клетке при определённых внешних условиях, как например действиепод заданныхдействием определенных [[гормон]]ов. ''Полный протеом'' организма — - полныйсовокупный набор белковпротеомов всех его клеточных протеомов. Огрубляя, можно сказать, что он является белковым эквивалентом геномаклеток. Термином "«протеом"» также обозначалсяобозначают набор белков субклеточного организма, например [[вирус]]а (виральныйвирусный протеом).
 
Протеом, особенно у [[эукариота|эукариот]], больше, чем геном, то есть количество белков превышает количество [[ген]]ов. Это связано с [[альтернативный сплайсинг|альтернативным сплайсингом]], а также с [[посттрансляционная модификация|посттрансляционной модификацией]] белков, например, их [[гликозилирование]]м (присоединением к ним [[углевод]]ных остатков) и [[фосфорилирование]]м (присоединением к ним остатка [[фосфорная кислота|фосфорной кислоты]]).
 
Протеом имеет по крайней мере два уровня сложности, отсутствующих в геноме. В то время как геном определяется последовательностью [[нуклеотид]]ов, протеом не сводится к сумме последовательностей [[аминокислота|аминокислот]]. Знание протеома включает в себя также знание пространственных структур всех содержащихся в нём белков (см. [[Вторичная структура#Вторичная структура белка|вторичная структура белка]], [[Третичная структура#Третичная структура белков|третичная структура белков]]) и функционального взаимодействия между ними.Протеом
включает в себя также пространственные структуры всех содержащихся в нём белков (см. [[Вторичная структура#Вторичная структура белка|вторичная структура белка]], [[Третичная структура#Третичная структура белков|третичная структура белков]]) и функционального взаимодействия между ними.
 
[[Протеомика]], — наука о протеомах, развивалась в значительной степени путём разделения белков методом двумерного [[электрофорез белков|электрофореза]]. Первое измерение - — разделение белков на основе их электрического заряда методом [[изоэлектрическое фокусирование|изоэлектрического фокусирования]]. Второе измерение - — разделение белков на основе их молекулярного веса методом [[:en:SDS-PAGE]].
 
== История ==
Дополнительную информацию о белках даёт [[масс-спектрометрия]]. [[:en:Peptide mass fingerprinting|Отпечатки пептидных масс]] - метод, позволяющий идентифицировать белок путём разделения его на короткие [[пептид]]ы и сравнения наблдаемых пептидных масс с [[:en:sequence database|базой данных последовательностей]]. Другой способ идентифицировать белок - [[:en:Tandem mass spectrometry|тандемная масс-спектрометрия]] (см. [[Масс-спектрометрия#Масс-анализатор|масс-анализатор]]), при которой индивидуальные пептиды изолируются, соударяются с [[молекула]]ми [[инертный газ|инертного газа]], а затем получившиеся [[ион]]ы фрагментов каталогизируются.
Термин «протеом» предложил в [[1994 год]]у [[Австралия|австралийский]] генетик [[Уилкинс, Марк|Марк Уилкинс]]<ref>{{cite journal |last=Wilkins |first=Marc |authorlink= |year=2009|month=Dec. |title=Proteomics data mining |journal=[[Expert review of proteomics]] |volume=6 |issue=6 |pages=599–603 |publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606 |doi = 10.1586/epr.09.81 | bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote = }}</ref> на симпозиуме 2D Electrophoresis: from protein maps to genomes" в городе [[Сиена]], [[Италия]]. В печать термин появился в [[1995 год]]у<ref>{{cite journal| author=Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, Yan JX, Gooley AA, Wilkins MR, Duncan MW, Harris R, Williams KL, Humphery-Smith I.| journal=Electrophoresis| year=1995| title= Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium| pmid = 7498152| volume=7| pages=1090–94| issue=7| doi=10.1002/elps.11501601185}}</ref> в публикации части кандидатской диссертации Уилкинса.
 
Исследование протеома  — крупный международный научный проект. В [[2001 годугод]]у для работы над ним была создана международная Организация протеома человека ({{lang-en|Human Proteome Organization/HUPO}}). Особое внимание участников проекта вызывают белки крови, печени и головного мозга.
== История==
 
Термин "протеом" предложил в 1994 году [[Австралия|австралийский]] генетик [[Уилкинс, Марк|Марк Уилкинс]] <ref>{{cite journal
|last=Wilkins
|first=Marc
|authorlink=
|year=2009|month=Dec.
|title=Proteomics data mining
|journal=[[Expert review of proteomics]]
|volume=6
|issue=6
|pages=599–603
|publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606
|doi = 10.1586/epr.09.81
| bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote =
}}</ref> на симпозиуме 2D Electrophoresis: from protein maps to genomes" в городе [[Сиена]], [[Италия]]. В печать термин появился в 1995 <ref>{{cite journal| author=Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, Yan JX, Gooley AA, Wilkins MR, Duncan MW, Harris R, Williams KL, Humphery-Smith I.| journal=Electrophoresis| year=1995| title= Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium| pmid = 7498152| volume=7| pages=1090–94| issue=7| doi=10.1002/elps.11501601185}}</ref> в публикации части кандидатской диссертации Уилкинса.
 
Исследование протеома — крупный международный научный проект. В 2001 году для работы над ним была создана международная Организация протеома человека (Human Proteome Organization/HUPO). Особое внимание участников проекта вызывают белки крови, печени и головного мозга.
 
== См. также ==
* [[Протеомика]]
* [[:en:Metabolome]]
* [[:en:Cytome]]
* [[Биоинформатика]]
* [[:en:List of omics topics in biology]]
* [[:en:Plant Proteome Database]]
* [[Транскриптом]]
 
== Ссылки ==
{{примечания}}
{{Reflist}}
 
== Ссылки ==
== Внешние ссылки ==
* [http://bioinformatics.oupjournals.org/ Bioinformatics Journal]
* Базы данных: PIR | Swissprot | Pfam