В августе 1660 года Уильям Джаксон вернулся в Лондон, и в3 сентябресентября того же года былновый назначен новым королёмкороль [[Карл II (король Англии)|КарломКарл II]] дал согласие на Кентерберийскуювручение архиепископскуюДжаксону кафедруКентерберийской архиепископской кафедры, пустовавшуюпустовавшей со времени казни [[Лод, Уильям|Уильяма Лода]] в 1645 году{{sfn|Edward Carpenter, Adrian Hastings|1997|с=205}}. В силу преклонного возраста он уступил многие свои полномочия в управлении церковью епископу Лондонскому [[Шелдон, Гилберт|Гилберту Шелдону]], не проявлял сколь-нибудь определённого отношения к католическому нонконформизму, но уделял много внимания возмещению материального ущерба, понесённого [[Англиканская церковь|Англиканской церковью]]; его также обвиняли в [[непотизм]]е. Только в 1663 году Джаксон вновь вошёл в [[Тайный совет Великобритании|Тайный совет]].
Уильям Джаксон умер неженатым и бездетным [[4 июня]] [[1663 год]]а в [[Ламбет]]е и похоронен 9 июля 1663 года в часовне [[Сент-Джонс колледж (Оксфорд)|колледжа Святого Иоанна]], своей [[Альма-матер|alma mater]].
