Грамотрицательная длинная (8—20 мкм) тонкая (0,25—0,35) спирохета, глубина [[Спираль|спирали]] 0,8—1 мкм, [[амплитуда]] витка — 1 мкм, количество завитков — 8—128-12-14. Один раз в 30-32 часа трепонема размножается делением. Бледная трепонема способна к винтообразным, сгибательным и контрактильным движениям, обеспечиваемым фибриллами и собственными сокращениями клетки трепонемы. Имеется т. н. [[аксилярное тело]], представляющее собой внутриклеточные [[жгутик]]и<ref>[http://iai.asm.org/cgi/content/abstract/56/1/168?ijkey=c3ce0ec1bf7f01cbe353098490ebdc93524945c0&keytype2=tf_ipsecsha Antigenic and structural characterization of Treponema pallidum (Nichols strain) endoflagella. — Blanco et al. 56 (1): 168 — Infection and Immunity]</ref>.
Тело бледной трепонемы окружено слизевидным бесструктурным капсулоподобным веществом, выполняющим защитную функцию. Плохо прокрашивается [[анилин]]овыми красителями ввидуВвиду наличия большого числа гидрофобных компонентов в [[Цитоплазма|цитоплазме]] трепонема плохо прокрашивается [[анилин]]овыми красителями, но окрашивается в бледно-розовый цвет по [[Окраска по Романовскому-Гимзе|методу Романовского-Гимзы]] (за что и получила название «''бледная'' трепонема»),. применяютПрименимы также методы протравления и импрегнации [[серебро]]м. Неокрашенные нефиксированные клеткиживые трепонемы не видны в световой микроскоп, для их визуализации трепонем в живом состоянии применяют [[микроскопия|метод темнопольной микроскопии]], просмотр в фазовоконтрастном микроскопе и более современный [[серологические методы|метод флюоресцентных антител]].
