Массовый вредитель с/х культур и пастбищ. Особенно существенный вред наносит всем полевым культурам в поймах[[пойма]]х рек и в непосредственной близости от водоёмов. Вредит также на пастбищах и сенокосах, в садах и питомниках, на огородах и в местах хранения овощной продукции. Этот грызун неНе столько поедает урожай зерновых, сколько делает невозможным его уборку, взрывая поля в момент созревания колосовых и засыпая землей полегшие хлеба. Повреждает саженцы садовых и лесных деревьев, представляянанося серьезнуюущерб угрозу для садоводства[[Садоводство|садоводству]] и лесоводства[[Лесоводство|лесоводству]]. С наступлением заморозков, эти грызуны массово покидают [[болота]] и перемещаются на занятые лугами, лесами, полями, огородами земли <ref>{{Статья|автор = Максимов А.А.|заглавие = Зона водяной крысы в Западной Сибири, методы учета численности и прогноза|издание = Новосибирск.Наука|тип = |год = 1967|номер = |страницы = 58|issn = }}</ref>. На зиму делает запасы кормов. Имеет второстепенное значение в пушном промысле. Основной носитель [[Туляремия|туляремии]], [[Омская геморрагическая лихорадка|омской геморрагической лихорадки]], [[лептоспироз]]а и других [[Трансмиссивные болезни|трансмиссивных заболеваний]].
Научно-исследовательские работы по изучению этого вида проводятся в Новосибирском Институте систематики и экологии животных СОРАН.
