Номер ИМО был введён Международной морской организацией (ИМО) в 1987 году через принятие резолюции A.600(15)<ref>[http://www.imo.org/blast/blastDataHelper.asp?data_id=22376&filename=A600%2815%29.pdf RESOLUTION A.600(15) - IMO SHIP IDENTIFICATION NUMBER SCHEME]</ref> как мера, направленная на «морскую безопасность, предотвращение загрязнения и обеспечение предотвращения морского мошенничества». Этот номер должен был оставаться неизменным при переходе судна под другой флаг и быть указан в сертификате судна<ref name="IMO">{{cite web|title=IMO identification number schemes|publisher=[[Международная морская организация|IMO]]|accessdate=2015-04-05|url=http://www.imo.org/OurWork/MSAS/Pages/IMO-identification-number-scheme.aspx|archivedate=2015-04-05|archiveurl=http://www.webcitation.org/6XZPRIfbx}}</ref>.
В 1994 году было принято постановление [[Международная конвенция по охране человеческой жизни на море|СОЛАС]] XI/3, которое делало номер ИМО обязательным и устанавливало критерии его применения для пассажирских судов валовой вместимостью от 100 тонн и всех грузовых судов валовой вместимостью от 300 тонн. Реализация схемы стала обязательной с 1 января 1996 года. В 2013 году ИМО приняла резолюцию A.1078(28), чтобы позволить добровольное применение схемы для рыболовных судов валовой вместимостью от 100 тонн<ref name="IMO"/>.
