В первое издание (200120015) было включено свыше 450 видов животных, растений и грибов<ref name="red2001" />. Во второе издание Красной книги Москвы (2011) занесено более 480 видов животных, растений и грибов, в том числе, 16 видов млекопитающих, 65 — птиц, 4 — пресмыкающихся, 8 — земноводных, 13 — рыб, свыше 177 (с учётом неопределённых видов двух родов) — беспозвоночных, 122 вида сосудистых растений, 26 — моховидных, 10 — водорослей, 21 — лишайников, 15 — грибов<ref name="darwin">[http://www.darwin.museum.ru/redbook/ Красная книга города Москвы]</ref><ref name="mlek">[http://www.darwin.museum.ru/expos/redbook/?txt=&bio=0&r=0&ts=&type=&cl=1&ot=0&sem=0 Млекопитающие, занесённые в Красную книгу Москвы]</ref>.
Категории охраны видов, включённых в Красную книгу Москвы имеют следующие обозначения:
