Самолёт совершал рейс JT-904JT904 из [[Бандунг]]а в [[Денпасар]]. В 12:48 по местному времени (5:48 UTC) Боинг вылетел из {{нп4|Международный аэропорт имени Хусейна Састранегара|аэропорта им. Хусейна Састранегара|en|Husein Sastranegara International Airport}}<ref name="ASN">{{cite web|url=http://aviation-safety.net/database/record.php?id=20130413-0|title=Aircraft accident Boeing 737-8GP (WL) PK-LKS Denpasar-Ngurah Rai Bali International Airport (DPS)|publisher=[[Aviation Safety Network]]|lang=en|accessdate=2013-04-15|archiveurl=http://www.webcitation.org/6G3sEmdIG|archivedate=2013-04-22}}</ref>. На борту находились 7 членов экипажа, в том числе командир М. Газали ({{lang-id|M Ghazali}}, налёт более 10 тысяч часов<ref>{{cite web|url=http://www.metrotvnews.com/metronews/video/2013/04/13/6/175402/Lion-Air-Bantah-Ghozali-Lewati-Batas-Jam-Kerja|title=Lion Air Bantah Ghozali Lewati Batas Jam Kerja|publisher=METRO TV NEWS|date=13 April 2013|lang=id|accessdate=2013-04-15|archiveurl=http://www.webcitation.org/6G3sFWzSi|archivedate=2013-04-22}}</ref>) и второй пилот Чираг Калра ({{lang-id|Chirag Kalra}}), и 101 пассажир (95 взрослых, пять детей и один младенец)<ref name="350Km/Jam" />.
Через час с небольшим, в 15:10 (7:10 UTC) самолет упал на мелководье в 1,1 км от торца ВПП [[Нгурах-Рай (аэропорт)|аэропорта Нгурах-Рай]]. От удара об воду фюзеляж разломился на две части<ref name="350Km/Jam">{{cite web|url=http://news.okezone.com/read/2013/04/15/337/791716/kecepatan-lion-air-capai-350-km-jam|title=Kecepatan Lion Air Capai 350 Km/Jam|date=15 April 2013|publisher=OkezoneNews|lang=id|accessdate=2013-04-15|archiveurl=http://www.webcitation.org/6G3sHrcxw|archivedate=2013-04-22}}</ref>. Погода в Денпасаре в этот момент была следующей: ветер направления 150° варьируется между 110° и 270°, 6 узлов, неограниченная горизонтальная видимость, рассеянные кучево-дождевые облака с нижней границей 1700 футов (520 метров), +30 °С. По свидетельству очевидцев в это время шёл дождь<ref name="ASN" />.
