С 1966 года известно о том, что Юпитер излучает гораздо больше тепла, чем получает от Солнца{{sfn|Low|1966}}. Предполагается, что отношениесоотношение между мощностью излучения планеты и тойтем излучением, что получается от Солнца, приблизительно равно 1,67 ± 0,09. Внутренний {{нп5|Тепловой поток|тепловой поток|en|Heat flux}} от Юпитера составляет 5,44 ± 0,43 Вт/м², тогда как общая излученнаяизлучаемая мощность равна 335 ± 26 [[Ватт#Кратные и дольные единицы|ПВт]]. Последняя величина равна примерноприблизительно одной миллиардной доли от общей мощности, излучаемой Солнцем. Избыток тепла является скорее всего следствием примордиального нагрева на ранних стадиях формирования Юпитера, за счет процессов в аккреционном диске Солнечной системы и соударения о ядро планеты - планетезималей и последовавшей затем [[Гравитационная дифференциация|гравитационной дифференциации]].<ref>{{cite news|url=http://www.kosmonews.ru/yupiter/vnutrennee-stroenie-yupitera.-chast-2.html|title=Внутреннее строение Юпитера. Часть 2|description=Космос: фотографии, открытия, новости астрономии|accessdate=2010-10-05}}</ref><ref name="астро-ньюс">{{cite news|url=http://yastro.narod.ru/a_news63.htm |title=Уточняется модель формирования ядра Юпитера |publisher=Астрономические новости |accessdate=2010-10-05}}</ref>, однако отчасти может быть следствием и осаждениемосаждения гелия вна ядреядро планеты{{sfn|Pearl|1990|pp=12, 26}}.
Внутренний нагрев может оказывать важное влияние на атмосферу Юпитера. Юпитер имеет небольшой наклон в 3° и его полюса получают гораздо меньше Солнечной радиации, чем экватор,но при этом температура тропосферы заметно не изменяется от экватора к полюсам. Одно из объяснений этому говорит, что процессы внутренней конвекции напоминают "термостат", высвобождая вблизи от полюсов больше тепла, чем на экваторе. Это и приводит к равномерному распределению температуры в тропосфере. На Земле тепло переносится от экватора к полюсам в основном благодаря циркуляциии [[Циркуляция атмосферы|атмосферы]], а на Юпитере глубинная конвекция уравновешивает распределение тепла. В целом конвекция внутри Юпитера в основном происходит благодаря внутреннему теплу{{sfn|Ingersoll et al|2004|pp=11, 17—18}}.
