19 июля 2005 года распоряжением [[Правительство Москвы|Правительства Москвы]] РНЦХ РАМН было присвоено имя его основателя, академика Б. В. Петровского.
Сейчас в четырёх корпусах ФГБНУ «РНЦХ им. акад. Б.В. Петровского РАМН» функционируют 18 хирургических отделений (в том числе 4 кардиохирургических), отдел анестезиологии и реанимации (5 отделений), отдел инструментальной и лучевой диагностики (5 лабораторий и 1 отделение), отдел трансфузиологии и лабораторных технологий (5 лабораторий и 1 отделение), научно-консультативный отдел (5 отделений), отдел научных программ и подготовки кадров, отдел информационных технологий, патологоанатомическое отделение, лаборатория медицинской генетики, отделение экспериментальных исследований в хирургии, общеклинический отдел, административные, технические и хозяйственные службы.
На базе ФГБУФГБНУ «РНЦХ им. акад. Б.В. Петровского» РАМН, за исключением кафедры госпитальной хирургии № 1 ММА им. И. М. Сеченова, действуют ещё 4 кафедры ФППОВ ММА им. И. М. Сеченова (сердечно-сосудистой хирургии № 1, анестезиологии и реаниматологии, функциональной и ультразвуковой диагностики с курсом лучевой, клинической трансфузиологии) и ещё 2 кафедры РМАПО МЗиСР РФ (рентгеноэндоваскулярные диагностика и лечение и [[гипербарическая оксигенация|гипербарической оксигенации]]).
