Митрополита Иоанна часто обвиняли в антисемитизме[[антисемитизм]]е и анти-иудаизме<ref>[http://www.portal-credo.ru/site/?act=monitor&id=5840 "ЗА ПРАВА ЧЕЛОВЕКА": Митрополит-антисемит. К 10-летию кончины митрополита Санкт-Петербургского Иоанна (Снычева)]</ref>. Сам митрополит Иоанн подчёркивал, что обвинения в «антисемитизме» «черносотенстве» и «мракобесии» стали почему-то уделом каждого, кто пытается с христианских позиций разобраться в сложных и болезненных вопросах межнациональных и межконфессиональных отношений. «На них не стоило бы обращать никакого внимания, если бы таким образом не блокировалось широкое, свободное и гласное обсуждение проблем, имеющих для русской жизни принципиальное судьбоносное значение».
Митрополит Иоанн считал [[сионизм]] деятельностью, крайне вредной для России. Так, согласно мнению Иоанна Снычёва:
