Станцию построили при прокладывании [[Петербурго-Варшавская железная дорога|Петербурго-Варшавской железной дороги]] (1853—1862 гг.) Первый поезд прибыл из [[Даугавпилс|Динабурга]] 4 сентября 1860 года. Здание вокзала было построено в 1862 году, паровозное депо — в 1884 г. В 1861 году была построена ветка [[ВильнаЛандварово]] Ландварово - [[Ковно]] - [[Эйдткунен]] (Восточная Пруссия), в 1874 году — железная дорога до [[Минск]]а. После Первой мировой войны в 1918 году были созданы литовские железные дороги, их штаб-квартира и основные мастерские находились здесь. После [[Срединная Литва|захвата юга Литвы]] Польшей управление и основные цеха были переведены в [[Каунас]]. Вильнюс стал провинциальной станцией [[Польские государственные железные дороги|польских железных дорог]], всякое сообщение с остальной Литвой было прервано до 1938 года. После вторжения вермахта в Польшу город и железнодорожная станция была возвращена Правительством Советского Союза Литве, которая, в свою очередь, в 1940 году вошла в состав СССР.
Во вторую мировую войну здание вокзала было сильно разрушено и к 1950 году его построили заново (в 2000 году знание прошло реконструкцию).
