В феврале 1941 года был назначен заведующим кафедрой авиационных приборов [[Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения|Ленинградского авиационного института]].
B24 апрелеавгуста 1941 года Молчанов был арестован органами НКВД по обвинению по статье 58-1 «а» УК РСФСР<ref name="Arrest">{{cite web|url=httphttps://guapbessmertnybarak.ru/guapMolchanov_Pavel_Aleksandrovich/kaf11n/hist_main.shtml|title=КафедраСтраница компьютерногопамяти проектированияна аэрокосмическихсайте измерительно-вычислительныхжертв комплексов|date=12.03.2009репрессий|publisher=проекта [[Санкт-ПетербургскийБессмертный государственный университет аэрокосмического приборостроениябарак]]|accessdate=2012-01-29|archiveurl=https://www.webcitation.org/68x1hnZ71|archivedate=2012-07-06}}</ref>. В октябре 1941 года Молчанов был застрелен конвоиром на барже в [[Ладожское озеро|Ладожском озере]] при этапировании заключённых ленинградских тюрем из блокадного Ленинграда<ref name="Death">{{cite web|url=http://www.cogita.ru/syuzhety/kultura-pamyati/veniamin-iofe-lishnie-lyudi-1941|author=Вениамин Иофе|title=Лишние люди — 1941|date=01.04.2010|publisher=[[Когита.ру]]|accessdate=2012-01-29|archiveurl=https://www.webcitation.org/68x1jI97n|archivedate=2012-07-06}}</ref>. На месте захоронения останков погибших в этом этапе между деревнями Судемье и Подрябинье близ Сясьстроя установлен памятный знак.
