Участник:Tana shir/Черновик: различия между версиями
Содержимое удалено Содержимое добавлено
Строка 15:
=== Анализ обогащения наборов генов (англ. ''gene set enrichment analysis'') ===
Альтернативный подход начинается с ранжирования всех генов в соответствии с их дифференциальной экспрессией. В этом случае рассматривается вся функциональная группа, а не только самые значимые гены. Если группа попадает в верхнюю (перепредставленность), либо в нижнюю (недопредставленность) часть списка, считается, что она связана с фенотипическими различиями. Оценка делается на основе разницы между количеством генов, которые наблюдаются в заданном диапазоне ранжированного и случайного списков, с использованием [[Критерий согласия Колмогорова|теста Колмогорова-Смирнова]], [[t-критерий Стьюдента|t-критерия Стьюдента]], [[u-критерий Манна-Уитни|u-критерия Манна-Уитни]], [[медиана|медианы]] или [[среднее|среднего]]<ref>Hung J. H. et al. Gene set enrichment analysis: performance evaluation and usage guidelines //Briefings in bioinformatics. – 2011. – Т. 13. – №. 3. – С. 281-291.</ref>.
Главное преимущество — этот метод использует всю информацию, полученную из экспериментов. Однако в качестве входной информации он требует определения функциональной группы для каждого гена, что часто бывает сложной задачей. Предположение, лежащее в основе метода, что гены с краёв списка вносят больший вклад в биологическую функцию не всегда верен, регуляторные белки часто изменяют свою экспрессию незначительно, но это приводит к большим последствиям<ref name="multiple1" />.
| |||