При наличии резистентных к терапии припадков, сочетающихся со стойким неврологическим дефицитом (гемиплегия, [[афазия]]), показано хирургическое лечение — удаление или перерезка связей пораженной части мозга (анатомическая или функциональная гемисферэктомия). [[Эпилепсия#Лечение эпилепсии|Антиэпилетические препараты]] и [[Кетогеннаякетогенная диета]] (богатая жирами и бедная углеводами) могут быть рекомендованы на начальной стадии, однако в большинстве случаев они малоэффективны. В 2008 г. для лечения кожевниковской эпилепсии предложена транскраниальная магнитная стимуляция, которая на непродолжительное время способна остановить припадки.<ref name="pmid18304879">{{cite journal |author=Rotenberg A, Depositario-Cabacar D, Bae EH,''et al.''|title=Transient suppression of seizures by repetitive transcranial magnetic stimulation in a case of Rasmussen's encephalitis|journal= Epilepsy Behav. |volume=13|issue=1|pages=260-2 |year=2008 Jul|pmid=18304879 |doi=}}</ref> Альтернативное лечение включает антивирусные препараты, [[плазмаферез]], иммуноадсорбцию, иммуносупрессию ([[глюкокортикоиды]] и др.) и иммуномодуляцию ([[иммуноглобулин]] внутривенно). Однако, в виду отсутствия большого количества исследований, в настоящее время не существует устоявшейся стратегии лечения.<ref name="pmid12084008" />
