В языке чероки имеется [[Тоновый язык|система тонов]]{{sfn|Holmes|1977|p=39—40}} (всего 6 тонов{{sfn|Montgomery-Anderson|2008|p=159106, 109, 110}}), которые могут разнообразно сочетаться между собой, следуя сложным правилам, зависящим от сообщества носителей языка. Во многих языковых ареалах система тонов постепенно упрощается, так как язык чероки обычно является вторым родным (после [[Английский язык|английского]]). Тем не менее, тоны способны изменять значение слов (только некоторых{{sfn|Holmes|1977|p=39—40}}; в большинстве слов тон всё же не влияет на значение{{sfn|Holmes|1977|p=39—40}}) и по-прежнему точно воспроизводятся многими носителями языка, особенно старейшими. Слоговая азбука чероки обычно не отражает тон, а случаи, когда отсутствие тона на письме практически приводит к двусмысленности, редки для тех, для кого язык чероки является родным. Это же относится и к [[латиница|латинской]] [[транслитерация|транслитерации]] (''osiyo'', ''dohitsu'' и др.), в которой тон тоже редко указывается, кроме [[словарь|словарей]]. Носители языка могут объяснить разницу между тонами по [[контекст]]у.
