Мохаммад Наджибулла родился 6 августа 1947 года в [[КабулГардез|Гардезе]]е в семье государственного служащего Ахтара Мохаммада. По происхождению [[пуштуны|пуштун]] из клана ахмадзай племени сулейманхель [[гильзаи|гильзайского]] племенного союза<ref name="Слинкин"/>. Его семейные корни находятся в провинции [[Пактия]]<ref name="Афганистан">{{cite news | title= АФГАНИСТАН. СТРАНИЦЫ ИСТОРИИ (80–90-е гг. XX в.)/ Раздел 3. Наджибулла. Политика национального примирения|url = http://www.nbuv.gov.ua/Articles/KultNar/knp41/knp41_57_62.pdf|author= Слинкин М.Ф.|date = 2003|archiveurl=https://web.archive.org/web/20131228160546/http://www.nbuv.gov.ua/Articles/KultNar/knp41/knp41_57_62.pdf|archivedate=2013-12-28|deadlink=404}}</ref>. Пластун и Адрианов в своей работе «Наджибулла. Афганистан в тисках геополитики» указывают родной деревней Наджибуллы селение Милан<ref name="Адрианов">{{cite news| title= Наджибулла. Афганистан в тисках геополитики| url= http://www.rsva.ru/biblio/prose_af/nadjib/1.shtml| author= Пластун В.Н., Андрианов В.В.| date= 1999.| access-date= 2011-04-28| archiveurl= https://web.archive.org/web/20111116003204/http://www.rsva.ru/biblio/prose_af/nadjib/1.shtml| archivedate= 2011-11-16}}</ref>. В 1964 году Наджибулла окончил лицей «Хабибия», после чего поступил на медицинский факультет Кабульского университета. В 1965 году он вступил в [[НДПА]], а с августа 1971 года — член руководящих органов легальной Ассоциации студентов Кабульского университета<ref name="Афганистан"/>. В интервью газете «[[Известия (газета)|Известия]]» 29 декабря 1989 года Наджибулла о себе сказал так:{{цитата|Как я стал революционером? Учился в лицее в Кабуле, а отец мой служил в Пешаваре, и я к нему ездил каждый год на каникулы. Где-то за Джелалабадом обычно был привал. И там, у прозрачного водопада, все отдыхали. Женщины обычно чуть выше поднимались, мужчины отдельно у подножия останавливались. И вот одна женщина бежит по тропинке сверху и кричит кому-то из мужчин: у тебя сын родился. Все стали подниматься наверх. И я смотрю, минут двадцать всего прошло, и эта женщина, что родила, поднялась на ноги, завернула сына в шаль и тронулась с караваном кочевников в путь. Я ощутил какой-то внутренний толчок, меня била дрожь. Как же так, думал я, почему афганская женщина должна рожать на земле, среди камней, как беспризорное животное! Поверьте, ни о какой революции я тогда не подумал, просто гнев и стыд душили меня. Ведь я любил свою землю и свой народ. Что же, он должен жить хуже всего рода человеческого?<ref name="Пластун">{{cite news| title= Наджибулла. Афганистан в тисках геополитики| url= http://www.rsva.ru/biblio/prose_af/nadjib/1.shtml?part=6| author= Пластун В.Н., Андрианов В.В.| date= 1999.| access-date= 2011-04-28| archiveurl= https://web.archive.org/web/20160305213533/http://rsva.ru/biblio/prose_af/nadjib/1.shtml?part=6| archivedate= 2016-03-05}}</ref>}}
Студентом Наджибулла активно участвовал в массовых антиправительственных выступлениях столичной молодёжи, за что два раза подвергался аресту. В 1969 году он был впервые арестован. На судебном процессе его обвиняли в «участии в противозаконных забастовках и демонстрациях», «нарушении общественной безопасности и нагнетании напряжённости», а также в «создании условий для призыва народа к восстанию» и «провоцировании беспорядков и столкновении с полицией». В январе следующего года он был вновь арестован за участие в антиамериканской демонстрации в [[Кабул]]е в связи с визитом в страну вице-президента США [[Агню, Спиро Теодор|Спиро Агню]]<ref name="Слинкин"/>. В 1975 году он окончил Кабульский университет по специальности врач-гинеколог. В том же году по решению фракции НДПА «Парчам» он возглавил кабульскую провинциальную комиссию партии по созданию в столице и провинции ячеек и комитетов Демократической организации молодёжи Афганистана<ref name="Афганистан"/>.
