Википедия

Протеомика: различия между версиями

Интерактивная навигация по истории
[отпатрулированная версия][отпатрулированная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
орфография, пунктуация
Нет описания правки
Строка 50:
 
[[Файл:Electrospray Ionization Spectroscopy.svg|thumb|Схема ионизации электроспреем. (1) Под действием высокого напряжения из капилляра выходит струя капель жидкости (аэрозоль). (2) Растворитель в аэрозоле испаряется, заряд начинает переходить на исследуемые молекулы. (3) От капли остаётся скопление заряженных ионов]]
В качестве альтернативы MALDI ионизацию пептидов перед масс-спектрометрией можно осуществлять с помощью метода ионизации электрораспылением, или ионизации [[Электроспрей|электроспреем]] ({{lang-en|electrospray ionisation, ESI}}). Жидкость, содержащая исследуемые белки, помещается в конический капилляр, и, когда она выходит из капилляра, к ней прилагается сильное [[Напряжение (электрическое)|напряжение]]. В результате жидкость превращается в аэрозоль, и при испарении частиц их аэрозоля в потоке инертного газа заряд может переходить на растворённые в аэрозоле [[биомолекулы]], в том числе белки. При таком способе ионизации биомолекулы не разрушаются. Ионизацию электроспреем можно легко совместить с [[Высокоэффективная жидкостная хроматография|высокоэффективной жидкостной хроматографией]]: поток хроматографической фазы с колонки можно направить прямо в капилляр для электрораспыления. Таким образом, масс-спектрометр будет определять массы разделяемых в аналитической колонке молекул. Этот метод обозначают аббревиатурой LC-MS (от англ. {{lang-en|liquid chromatography-mass spectrometry}})<ref>{{cite pmid|19224008}}</ref>. Идентификация белков в сложном растворе при помощи комбинации масс-спектрометрии и высокоэффективной жидкостной хроматографии получила название протеомики-дробовика, или скорострельной протеомики ({{lang-en|shotgun proteomics}})<ref>{{cite pmid|17990506}}</ref>.
 
Методы масс-спектрометрии могут быть использованы для направленного обнаружения искомых белков, то есть масс-спектрометр можно настроить таким образом, чтобы он видел только нужный пептид. Для этой цели используют {{нп5|Масс-спектрометр с тройным квадруполем|прибор с детектором типа тройного квадруполя|en|Triple quadrupole mass spectrometer}}, то есть три одинаковых масс-спектрометра, последовательно передающие друг другу ионы. Первый масс-спектрометр отфильтровывает интересующий пептид, во втором он фрагментируется, а третий регистрирует от 3 до 5 заранее выбранных фрагментов. Количественный анализ производится на основе интенсивности фрагментов. Этот метод называется мониторинг множественных реакций ({{lang-en|multiple reaction monitoring, MRM}}), или {{нп5|мониторинг выбранных реакций||en|Selected reaction monitoring}} ({{lang-en|selected reaction monitoring, SRM}})<ref>{{cite doi|10.1074/mcp.M500331-MCP200}}</ref>.
Строка 67:
 
== Биоинформатика в протеомике ==
С помощью масс-спектрометрии и чипов можно получить информацию о фрагментах белка, но не о белке целиком. В настоящий момент существуют программы, которые из фрагментарных данных масс-спектрометрии и чипов выдают данные о почти полностью илисобранных частичноиз соответствующиеэтих имфрагментов белкибелков. Эти программы основаны на построении выравниваний фрагментов с известными белками из баз данных UniProt<ref>{{cite web|url=https://www.uniprot.org/|title=UniProt|website=www.uniprot.org}}</ref> и PROSITE<ref>{{cite web|url=http://prosite.expasy.org/|title=ExPASy — PROSITE|website=prosite.expasy.org}}</ref>.
 
В большинстве программ, анализирующих белки, не учитываются их посттрансляционные модификации<ref>{{cite pmid|23874192}}</ref>. Существующие в настоящий момент инструменты, определяющие посттрансляционные модификации, имеют лишь предсказательный характер<ref>{{cite pmid|23703210}}</ref>.
Источник — https://ru.wikipedia.org/wiki/Протеомика