Следующей модификацией стал «Эмиль» (Emil) — '''Messerschmitt Bf.109E'''. Это была, по сути, первая по-настоящему массовая модель самолёта. Истребитель был оснащён новым двигателем [[Daimler-Benz DB 601]] с системой непосредственного впрыска топлива и гидромуфтой в приводе нагнетателя. Но самым главным было то, что этот двигатель оказался намного надёжнее своего предшественника. <br>На «Эмилях» устанавливался трёхлопастный винт VDM изменяемого шага. Самолет получил приемо-передающую радиостанцию FuG 7, германский истребитель не имел никакой защиты пилота, а его бензобак оставался непротектированным, что, несомненно, снижало живучесть машины{{sfn|король|2008|с = 29}}. Первые машины новой модификации поступили в войска в начале 1939 года. В основном «Эмили» были вооружены двумя 7,92-мм пулемётами, смонтированными в корпусе, и двумя 7,92-мм пулемётами, расположенными в консолях крыла. В конце 1939 года начали производить Е-3. Первоначально Е-3 получили мотор-пушу, но проблемы с перегревом заставляли её снимать в частях сразу после получения. На поздних Е-3 крыльевые пулемёты заменяли на пушки MG FF с боекомплектом 20 снарядов на ствол. Для установки пушек пришлось устанавливать обтекатели{{sfn|король|2008|с = 32}}. С лета 1940 года Е-4 получили 20-мм пушки в консоли крыла {{нп3|MG FF}} (''нем''. '''FF''' = «Flügel Fest» — здесь ''рус. вмонтированный в консоль крыла'' — 20 снарядов на ствол, с 1941-го года MG FF/M, нем. М = Minenmunition — рус. фугасные патроны со 60 снарядами), пушки размещались в выштамповках с нижней стороны крыла. Начиная с серии Е7 оснащённой двигателями DB601N (осень 1940) на самолёте появляется переднее [[прозрачная броня|бронестекло]] кабины пилота толщиной 58 мм, установленное под углом 30 градусов от вертикали, и расположенная за баком 6-мм стальная бронеплита, перекрывающая всё сечение фюзеляжа.
