Протеомика: различия между версиями

Один из наиболее популярных методов изучения белок-белковых взаимодействий — использование [[Дрожжи|дрожжевой]] [[Двугибридный анализ|двугибридной системы]]. ПолучаютДля этой цели получают два [[штамм]]а [[гаплоид]]ных дрожжей, один из которых исследуемый белок (приманка), а второй — белок, который необходимо проверить на предмет взаимодействия с первым (добыча). Далее гаплоидные клетки сливают с образованием диплоидных клеток дрожжей, экспрессирующих оба белка. Если белки взаимодействуют, то они оба составят [[транскрипционный фактор]], запускающий экспрессию [[Репортёрный ген|репортёрного гена]]. Если же взаимодействия между белками нет, то и экспрессия репортёрного гена не запускается. С помощью такого подхода у дрожжей ''S. cerevisiae'' при скрининге 6000 клонов добычи против 6000 клонов приманки удалось идентифицировать 691 белок-белковое взаимодействие, из которых только 88 были известны ранее{{sfn|Уилсон и Уолкер|2015|с=446—447}}. В настоящееXXI времявеке для исследования белок-белковых взаимодействий применяются и другие методы, такие как [[плазмонный резонанс]]<ref>{{cite pmid|21964781}}</ref><ref>{{cite pmid|18532910}}</ref>.

Данные о белок-белковых взаимодействий чрезвычайно важны для {{нп5|Биологические сети|биологических сетей|en|Biological network}} и [[Системная биология|системной биологии]]: они, например, они используются при реконструкции [[Передача сигнала (биология)|сигнальных каскадов]]<ref name=":0">{{cite pmid|22439968}}</ref><ref name=":1">{{cite pmid|22169889}}</ref>.

Белковые микрочипы разрабатываются для идентификации определённых белков в образце. По аналогии с [[ДНК-микрочип]]ами, на твёрдую подложку наносятся очень маленькие капли, содержащие антитела. В каждой капле находятся меченныемеченые антитела к одному определённому белку, который добавляется на чип в виде {{нп5|Флуоресцентная метка|флуоресцентно-меченной|en|Fluorescent tag}} пробы. После промывки [[флуоресценция]] детектируется только в тех каплях, в которых антитела связали исследуемый белок. Вместо антител можно использовать другие молекулы, специфически взаимодействующие с конкретными белками, например, [[олигонуклеотид]]ы<ref>{{cite pmid|15113093}}</ref>. Белковые микрочипы также можно использовать для обнаружения [[Белок-белковые взаимодействия|белок-белковых взаимодействий]] и определения функций белков. В настоящее2000-е времягоды белковые микрочипы автоматизированы. Они обладают высокой чувствительностью и требуют совсем небольшого количества исследуемого белка, благодаря чему отличаются экономичностью<ref>{{cite doi|10.1038/nbt0302-225}}</ref>.

С помощью масс-спектрометрии и чипов можно получить информацию о фрагментах белка, но не о белке целиком. В настоящийсвязи моментс существуютэтим созданы программы, которые из фрагментарных данных масс-спектрометрии и чипов выдают данные о почти полностью собранных из этих фрагментов белков. Эти программы основаны на построении выравниваний фрагментов с известными белками из [[База данных|баз данных]] [[UniProt]]<ref>{{cite web|url=https://www.uniprot.org/|title=UniProt|website=www.uniprot.org}}</ref> и {{нп5|PROSITE||en|PROSITE}}<ref>{{cite web|url=http://prosite.expasy.org/|title=ExPASy — PROSITE|website=prosite.expasy.org}}</ref>.

В большинстве программ, анализирующих белки, не учитываются их посттрансляционные модификации<ref>{{cite pmid|23874192}}</ref>. Существующие в настоящий момент инструменты, определяющие посттрансляционные модификации, имеют лишь предсказательный характер<ref>{{cite pmid|23703210}}</ref>.