Позднее широкое распространение представлений, характерных для [[филогенетика|филогенетической систематики]], привело к пересмотру классификации синапсид. Они были выведены из состава класса пресмыкающихся, получив в конце XX века статус самостоятельного класса{{sfn|Benton|2005|p=394}}{{sfn|Vaughan, Ryan, Czaplewski|2011|p=47}}.
По современным представлениям, синапсиды, вместевключая с млекопитающимимлекопитающих, образуют [[клада|кладу]] [[Synapsidomorpha]] (''синапсидообразные''), которая вместе с [[сестринская группа|сестринской группой]] [[Sauropsida]] (''завропсиды'') образует, в свою очередь, кладу [[амниоты|амниот]] — крупнейшую по объёму группу в составе надкласса [[четвероногие|четвероногих]]<ref name="Amniota"/><ref name=Wikis>{{cite web|url=https://species.wikimedia.org/wiki/Synapsidomorpha|title=Synapsidomorpha|publisher=// Website «[[Викивиды|Wikispecies]]: The free species directory»|accessdate=2016-05-03}}</ref><ref name=Rieppel>{{книга|автор=Rieppel O. |часть=Monophyly, Paraphyly, and Natural Kinds|ссылка часть=https://www.researchgate.net/publication/226520839_Monophyly_Paraphyly_and_Natural_Kinds|заглавие=''Biology and Philosophy'', 2005, '''20''' (2)}} — P. 465—487. — {{DOI|10.1007/s10539-004-0679-z}}.</ref>. При этом сторонники [[эволюционная таксономия|эволюционной таксономии]] выделяют в составе синапсидообразных два класса: [[парафилия (биологическая систематика)|парафилетический]] класс '''Synapsida''' и дочерний [[монофилия|монофилетический]] класс '''[[Mammalia]]'''{{sfn|Benton|2005|p=394}}{{sfn|Vaughan, Ryan, Czaplewski|2011|p=47}}. Сторонники же [[кладистика|кладистики]] (для которой характерно стремление избавиться от немонофилетических таксонов) обычно не выделяют класс синапсид, трактуя входящие в него группы независимо, а термин «Synapsida» нередко используют взамен термина «Synapsidomorpha» (при таком подходе понятие «синапсиды» охватывает и [[утконос]]а, и [[человек]]а)<ref>{{книга|автор=Lee M. S. Y., Reeder T. W., Slowinski J. B., Lawson R. |часть=Resolving Reptile Relationships: Molecular and Morphological Markers|заглавие=Assembling the Tree of Life|ответственный=Ed. by J. Cracraft and M. J. Donoghue|место=Oxford|издательство=Oxford University Press|год=2004|allpages=xiii + 576|isbn=0-19-517234-5}} — P. 451—467.</ref>.
