Мусульманское меньшинство в стране представлено Мусульманским советом Южного Судана<ref name=":5" />. Советником президента по исламским делам является шейх Джумой Саад Али<ref>{{Cite nameweb|url="https:1"//radiotamazuj.org/en/news/article/kiir-names-sheikh-juma-new-islamic-affairs-adviser|title=Kiir names Sheikh Juma new Islamic affairs adviser|publisher=Radio Tamazuj|lang=en|accessdate=2019-01-04}}</ref><ref name=":4">{{Cite web|url=https://www.state.gov/j/drl/rls/irf/2012religiousfreedom/index.htm?year=2012&dlid=208198#wrapper|title=International Religious Freedom Report for 2012|publisher=www.state.gov|lang=en-US|accessdate=2018-12-01}}</ref>. Генеральным секретарём Суданского совета церквей и лидером Исламского совета Южного Судана является Абдаллах Бурд<ref>{{Cite web|url=http://www.sudantribune.com/spip.php?article65641|title=South Sudan’s Kiir orders return of Muslim properties - Sudan Tribune: Plural news and views on Sudan|publisher=www.sudantribune.com|lang=en|accessdate=2018-12-03}}</ref>.
=== Религиозная свобода ===
Переходная [[конституция]] предусматривает разделение религии и государства, запрещает [[Религиозная дискриминация|религиозную дискриминацию]] и предоставляет религиозным группам свободу поклоняться и собрания, организации, обучения, владения собственностью, получения финансовой прибыли, возможности печати религиозной литературы. Христианские и мусульманские религиозные лидеры регулярно проводят консультации и координируют деятельность, особенно в сфере религиозного примирения и гуманитарной деятельности. В августе [[2011 год]]а Совет церквей Южного Судана (SSCC) выступил с заявлением, в котором осуждал продолжающееся насилие в стране и подчеркнул возвращение к «пути диалога». В Южном Судане создан Исламский совет который служит в качестве центра для координации мероприятий по религиозному примирению<ref name=":1">{{Cite web|url=http://archive.wikiwix.com/cache/?url=http://www.state.gov/j/drl/rls/irf/religiousfreedom/index.htm?year=2014&dlid=238264#wrapper|title=Wikiwix's cache|publisher=archive.wikiwix.com|accessdate=2018-12-01}}</ref><ref>{{Cite news|title=South Sudan Muslims demand representation in government|url=https://radiotamazuj.org/en/news/article/south-sudan-muslims-demand-representative-in-government|work=Radio Tamazuj|accessdate=2018-12-02|language=en}}</ref>. Ситуация с соблюдением религиозных свобод ухудшилась из-за продолжавшейся в стране с [[2013 год|2013]] по [[2018 год]] гражданской войны<ref>{{Cite news|title=South Sudan profile|url=https://www.bbc.com/news/world-africa-14069082|work=BBC News|date=2018-08-06|accessdate=2018-12-01|language=en-GB}}</ref>, после окончания которой ситуация нормализовалась. Однако имеют место единичные случаи дискриминации мусульман по религиозному признаку<ref name=":4" />.
