21 июня 1983 года был избран председателем исполнительного комитета Ленинградского городского Совета народных депутатов.
В годы работы на этой должности В. Я. Ходырев большое внимание уделял проблеме транспортной инфраструктуры города. Так, в этот период были открыты новые станции метрополитена: «[[Рыбацкое (станция метро)|Рыбацкое]]», «[[Площадь Александра Невского-2 (станция метро)|Площадь Александра Невского-2]]», «[[Проспект БольшевиковНовочеркасская (станция метро)|Проспект БольшевиковКрасногвардейская]]», «[[ПионерскаяЛадожская (станция метро, Санкт-Петербург)|ПионерскаяЛадожская]]», «[[УлицаПроспект ДыбенкоБольшевиков (станция метро)|УлицаПроспект ДыбенкоБольшевиков]]», «[[РыбацкоеУлица Дыбенко (станция метро)|РыбацкоеУлица Дыбенко]]», «[[Озерки (станция метро)|Озерки]]», «[[Проспект Просвещения (станция метро)|Проспект Просвещения]]». Обновлён аэровокзал «[[Пулково (аэропорт)|Пулково-2]]». Началось строительство [[Комплекс защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений|комплекса защитных сооружений Ленинграда от наводнений]]. Кроме этого, построены новые учебные корпуса [[Санкт-Петербургский государственный университет|Ленинградского государственного университета]]. Начата передача храмов Ленинграда верующим. Приняты первые постановления о возвращении улицам города исторических наименований. Созданы первые совместные предприятия: «Лентэк», «Ленимпэкс», «Ленвест». Зарегистрирована первая Ассоциация коммерческих банков. Установлен памятник [[Ломоносов, Михаил Васильевич|М. В. Ломоносову]] на [[Менделеевская линия|Менделеевской линии]].
3 апреля 1990 года освобождён от работы в соответствии с личным заявлением.
