В 1543 году Мехмед неожиданно умирает. По мнению некоторых исследователей, Мехмед умер от оспы<ref> Öztuna, Yılmaz. Kanuni Sultan Süleyman. Babıali Kültür Yayınları, 2006. s. 174—189 </ref>, а по другой версии, он умер своей смертью<ref name="uzunçarşılı">Uzunçarşılı, İsmail Hakkı (1951, yeni ed. 1998), ''Osmanlı Tarihi: İstanbul’un Fethinden Kanunî Sultan Süleyman'ın Ölümüne Kadar '', Ankara:Türk Tarih Kurumu Yayınları</ref>. Изначально Мехмед был погребён в [[Баезид (мечеть)|мечети Беязыт]]<ref name="К. Филиппович">''К. Филиппович'' [http://www.hierapolis-info.ru/mavzoley-shehzade.html Мавзолей Шехзаде в Стамбуле] hierapolis-info.ru</ref>. Позже в память о своём любимом сыне Сулейман построил в Стамбуле комплекс под названием [[Шехзаде (мечеть)|Шехзаде Мехмед джами]] ({{lang-tr|Şehzade Camii, Şehzadebaşı Camii, Şehzade Mehmet Camii}}). В кратчайшие сроки было построено тюрбе, куда был перенесён гроб с телом Мехмеда, а над гробом установлен трон<ref name="К. Филиппович" />. Комплекс был построен знаменитым архитектором [[Синан]]ом в 1543—1548 годах.
