В 1962 году строителями нефтеперерабатывающего завода был создан клуб, получивший название «Строитель». В 1964 году был построен завод [[Бургасский нефтехимический комбинат|«Нефтохим»]], и команда получила название «Нефтохимик». В 1967 году был построен стадион [[Лазур (стадион)|«Нефтохимик»]], на котором начала играть команда. В 1970 году было принято решение об объединении бургасских футбольных клубов, лучшие игроки «Нефтохимика» перешли в [[Черноморец (футбольный клуб, Бургас)|«Черноморец»]]. В 1970—1980 клуб участвовал только в заводских турнирах. В мае 1981 после разрушения стадиона «Локомотива» клубы объединились, и команда стала выступать на стадионе «Нефтохимик». 29 января 1986 клуббылклуб был зарегистрирован как самостоятельное юридическое лицо. В сезоне 1994/95 клуб дебютировал в [[Чемпионат Болгарии по футболу|высшей лиге чемпионата Болгарии]]. В следующем сезоне занял 4 место и выиграл Кубок ПФЛ. В 1997 году «Нефтохимик» занял второе место в чемпионате и вновь выиграл Кубок ПФЛ. В розыгрыше [[Кубок УЕФА 2000/2001|Кубка УЕФА 2000/01]] клуб в предварительном раунде обыграл кипрскую [[Омония (футбольный клуб, Никосия)|«Омонию» Никосия]] 0:0, 2:1, а в первом раунде уступил российскому [[Локомотив (футбольный клуб, Москва)|«Локомотиву» Москва]] 2:4, 0:0. В 2002 году клуб стал собственностью [[Petrol Holding]] и сменил название на «Нафтекс». В сезоне 2005/06 клуб вышел в полуфинал Кубка Болгарии, но занял последнее, 15 место в [[Чемпионат Болгарии по футболу 2005/2006|чемпионате]] и вылетел в [[Профессиональная футбольная группа «Б»|лигу «Б»]]. В 2009 год клуб был объединён с {{Нп5|Поморье (футбольный клуб)|«Черноморцем» Поморье||OFC Pomorie}}, часть игроков перешла также в [[Черноморец (футбольный клуб, Бургас)|«Черноморец» Бургас]]. При поддержке муниципалитета и строительной компании «Eurobuilding» «Нафтекс» слился с ФК «Атлетик» и изменил название на ФК «Нефтохимик 1986». В 2010 «Нефтохимик 1986» был куплен бургасскими предпринимателями Николаем Филиповым и Валентином Карвальчевым. В сезоне 2010/11 клуб занял 2 место в зоне «Юго-восток» третьей лиги и вышел во вторую лигу. В сезоне 2012/13 «Нефтохимик» выиграл первенство первой лиги и вышел в группу «А», где [[Чемпионат Болгарии по футболу 2013/2014|занял последнее, 14 место]]. 27 июня 2014 было объявлено, что клуб прекращает существование в связи с финансовыми проблемами. Тогда же группа болельщиков создала НПО «Футбольный клуб „Нефтохимик“ Бургас 1962» с целью сохранения детско-юношеской школы. С владельцами ПФК «Нефтохимик» было достигнуто соглашение о том, что новый клуб получит нематериальные активы и таким образом сохранит преемственность. В январе 2015 было объявлено об объединении ФК «Нефтохимик Бургас 1962» и ПФК «Бургас», которое состоялось в июне — ПФК «Бургас» был переименован в ПФК «Нефтохимик Бургас 1962».<ref>[http://neftochimic.com/история-2/ История - ПФК НЕФТОХИМИК БУРГАС 1962<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref>
