Нью-Йоркский метрополитен представляет собой сеть линий с большим количеством развилок и рельсовых соединений. Движение поездов организовано по маршрутам. Хотя понятие линии там и существует, линиями называются только участки путей со станциями на них, но не маршруты поездов. По каждой линии может проходить несколько разных маршрутов, а маршрут может переходить с одной линии на другую.
Стволовые линии (англ.trunk lines) — основные линии, в отличие от «веток» (англ.branches). Стволовыми линиями считаются:
Линии, имеющие на большей части своего протяжения по четыре пути, два для локальных маршрутов и два для экспрессов. Все они проходят по Манхэттену в направлении север-юг (вне Манхэттена тоже есть 4-путные линии, однако они не считаются стволовыми). Каждую из них обслуживают по 3 или 4 маршрута, которые ближе к концам линий расходятся по разным веткам (перечисление маршрутов дано для дневных часов рабочего дня):
Нассо-стрит — север-юг, короткая линия на Манхэттене, у которой оба конца поворачивают на восток и соединяются с другими линиями, продолжающимися в Бруклине; используется только соединение с северного конца; обслуживается маршрутом и его вариантом ;
Флашинг — запад-восток; обслуживается маршрутом (вариант ходит экспрессом в пиковом направлении после появления третьего пути на востоке в Куинсе);
Кросстаун — единственная из стволовых линий, не проходящая через Манхэттен; она проходит в направлении север-юг через Куинс и Бруклин; обслуживается маршрутом ;
Второй авеню — строящаяся линия на Манхэттене, север-юг; она частично введена в строй, но пока не относится к стволовым; станет таковой, когда после ввода в эксплуатацию третьей очереди по ней будет пущен маршрут .
Дивизион (англ.division) — часть метрополитена, характеризующаяся определённой шириной вагона, что диктует ширину тоннелей и положение платформ относительно путей. Всего существуют два дивизиона, каждая линия принадлежит к одному из них:
A — бывшие линии компании IRT, ширина вагона 2,67 м, маршруты носят обозначения в виде цифр;
B — бывшие линии компаний BMT и IND, ширина вагона 3,05 м, маршруты носят обозначения в виде букв.
Карта линий
Оранжевым обозначены подземные, а синим надземные и наземные
Количество путей на каждом участке
Цвета на схемах Нью-Йоркского метро применяются следующим образом:
маршруты, проходящие по этим линиям, наследуют их цвета на всём своём протяжении, в том числе и за пределами этих линий (для маршрута, проходящего по двум стволовым линиям, цвет задаёт одна из них);
все остальные маршруты (а это только челночные) обозначаются буквой и тёмно-серым цветом;
на картах цветом обозначаются маршруты, а не линии, поэтому некоторые участки линий обозначаются 2-3 цветами, идущими параллельно.
Данная статья содержит список линий Нью-Йоркского метрополитена. Он разделён по принадлежности линий к бывшим обслуживающим компаниям: IRT, BMT, IND. Отдельно выделены соединительные линии между линиями разных компаний.
Цветными квадратиками отмечены линии, которые задают цвета маршрутам, проходящим по ним. Тёмно-серый цвет здесь фигурирует дважды, поскольку им обозначаются все челночные маршруты, а свою линию имеют два из них.
Линия Арчер-авеню и линия 63-й улицы даны и в списке BMT, и в списке IND, потому что каждая из них представляет собой фактически две линии, почти совпадающих по трассе, из которых одна входит в сеть BMT, а другая в сеть IND.
В прошлом в сеть Нью-Йоркского метрополитена (или в три сети, составившие его, до их объединения в 1940 году) входили и другие линии. Здесь перечислены эстакадные линии, которые были полностью (или почти полностью) закрыты и демонтированы. Кроме них, имеются отдельные станции и целые участки линий, которые также были закрыты, но находились на линиях, существующих и сегодня.
, 
, локальный 
;
, 
, локальный 
(вариант 
ходит экспрессом в пиковом направлении после разветвления маршрутов на севере в Бронксе);
, 
, локальные 
, 
;
, 
, локальные 
(вариант 
ходит экспрессом в пиковом направлении после разветвления маршрутов на юге в Бруклине), 
;
, локальные 
, 
.
и его вариантом 
;
;
(вариант 
ходит экспрессом в пиковом направлении после появления третьего пути на востоке в Куинсе);
;
.
и тёмно-серым цветом;