«Фуэнлабрада» была основана 5 июля1975 года в результате слияния команд «CF San Esteban» и «AD Fuenlabrada». Идея принадлежала мэру города Реджино Бенитесу, который предложил директорам обоих клубов объединить свои усилия и тем самым получить более высокий муниципальный грант. Ключевую роль в рождении нового клуба сыграл Рамон Гарсия Пахуэло, который был назначен секретарём организации и до сих пор связан с клубом в качестве его представителя. В 1986 году команда впервые поднялась в Терсеру, заняв третье место снизу в своём дебютном сезоне.
С Хулианом Пересом на посту президента «Фуэнлабрада» вышла на новый уровень, кульминацией которого стало продвижение в Сегунду Б в 1994 году. В течение следующих 30 лет команда курсировала между Терсерой и Сегундой Б. В сезоне 1997/98 клуб сделал вливания определённых сумм денег, чтобы нанять нового тренера Эдуардо Катурла и новых игроков для продвижения в Сегунду. Тем не менее, «Фуэнлабрада» финишировала только на 9-м месте в Сегунде Б. Желая добиться повышения, в следующем сезоне клуб сделал ставку на другого авторитетного тренера с опытом работы в Ла Лиге, Феликса Бардераса.
Команда показала лучший результат в Кубке Испании в 2017—2018 годах, достигнув 1/32 финала, обыграв «Мериду AD» и «CD Calahorra». В противостоянии с клубным чемпионом Европы «Реалом» команда проиграла по сумме двух матчей, уступив вдома со счётом 4:2, а в ответном матче сыграв вничью 2:2 на стадионе «Сантьяго Бернабеу».
Стадион Фернандо Торрес
«Фуэнлабрада» играла свои домашние матчи на стадионе «Ла Альдеуэла», а в августе 2011 года переехала на стадион Фернандо Торреса, названного в честь известного испанского нападающего, который родился в городе, но никогда не играл за клуб. В сезоне 2016-17 клуб финишировал на 3-м месте в Сегунде Б, но проиграл оба матча плей-офф 0:1 «Вильяновенсе». Мере был назначен тренером на сезон 2018-19 гг.
2 июня2019 года «Фуэнлабрада» впервые в истории вышла в Сегунду, победив «Рекреативо де Уэльва» со счётом 4:1 по сумме двух матчей. Десять дней спустя клуб выиграл титул чемпиона «Сегунда Б», одержав победу со счётом 2:1 над «Расингом» Сантандер.
Фуэнлабрада
