SMART (база данных)
(перенаправлено с «Simple Modular Architecture Research Tool»)
SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) — база данных, используемая при идентификации и анализе белковых доменов в белковых последовательностях [1][2]. SMART использует для обнаружения доменов в белковых последовательностях алгоритм, основанный на применении скрытых марковских моделей ко множественным выравниваниям. По данным на январь 2012 года SMART содержала модели 1009 доменов [3]. Данные SMART использовались при создании Базы Консервативных Доменов (CDD, Conserved Domain Database) и также представляются как часть базы данных InterPro.[4]
| SMART | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | Биоинформатический ресурс для идентификации белковых доменов. |
| Организмы | Все |
| Контакты | |
| Исследовательский центр | Европейская молекулярно-биологическая лаборатория |
| Лаборатория | EMBL |
| Оригинальная публикация | PMID 18978020 |
| Доступность | |
| Сайт | smart.embl-heidelberg.de |
| Прочее | |
| Лицензия | Free to academics, but not commercial users |
| Версия | 7 |
| Курирование | Да |
База данных организована Европейской молекулярно-биологической лабораторией в Гейдельберге.
См. также править
Ссылки править
Примечания править
- ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting C. P. SMART, a simple modular architecture research tool: identification of signaling domains (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — May (vol. 95, no. 11). — P. 5857—5864. — doi:10.1073/pnas.95.11.5857. — PMID 9600884. — PMC 34487.
- ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: recent updates and new developments (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2009. — January (vol. 37, no. Database issue). — P. D229—32. — doi:10.1093/nar/gkn808. — PMID 18978020. — PMC 2686533.
- ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: recent updates to the protein domain annotation resource (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2012. — January (vol. 40, no. Database issue). — P. D302—5. — doi:10.1093/nar/gkr931. — PMID 22053084. — PMC 3245027.
- ↑ Mulder N. J., Apweiler R., Attwood T. K., et al. InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites (англ.) // Brief. Bioinformatics : journal. — 2002. — September (vol. 3, no. 3). — P. 225—235. — doi:10.1093/bib/3.3.225. — PMID 12230031.